###从vignette源代码的crlmmDownstream的R代码。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:loadData ################################################### 库(oligoClasses)库(VanillaICE)图书馆(crlmm)图书馆(IRanges)库(foreach ) ################################################### ### 代码块2号:数据 ################################################### 数据(cnSetExample、包= " crlmm ") ################################################### ### 代码块3号:parse_cnSet ################################################### se <——(SnpArrayExperiment cnSetExample。 ") ################################################### ### 代码块4号:windowselection (eval = FALSE ) ################################################### ## 图书馆(ArrayTV) # #我< seq_len (ncol (se)) # # increms < - c(1000、100年e3) # #胜< - c(100年10 e3, 1 e6) # # res < - gcCorrect(远程雷达(se), # # increms = increms, # # maxwins =获胜,# # returnOnlyTV = FALSE, # # verbose = TRUE, # #构建=“hg18”,# # =染色体(se),从而向# # =开始启动(se)) # # se2 < - se # #化验(se2)[[“cn”]]< - res correctedVals美元 ################################################### ### 代码块5号:loesscorrection ################################################### ## 待办事项:正确GC偏见的黄土se2 < - se ################################################### ### 代码块6号:嗯 ################################################### res < - hmm2 (se2 ) ################################################### ### 代码块7号:crlmmDownstream。Rnw: 116 - 117 ################################################### toLatex (sessionInfo ())