# #设置,包括= F,消息= F ---------------------------------------------- knitr: opts_chunk美元(echo = TRUE)需要设置(metagenomeSeq)要求(磨边机)要求(扳手)要求(DESeq2) # #——getPackage eval = FALSE --------------------------------------------------- # 如果(!requireNamespace(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(“扳手 ") ## ---- eval = FALSE ------------------------------------------------------------ # BiocManager::安装(“HCBravoLab /扳手 ”) ## ---- 负载,消息= FALSE ------------------------------------------------------ 库(扳手 ) ## ---- 警告= FALSE ----------------------------------------------------------- # 从鼠标微生物提取数和组信息数据metagenomeSeq包中数据(mouseData) mouseData计数< - MRcounts (mouseData、规范= FALSE) #数计数(1:10,1:2)组< - pData (mouseData)饮食#美元获得集团/状态向量头(集团)#运行与违约W <扳手——扳手(计数,condition=group) compositionalFactors <- W$ccf normalizationFactors <- W$nf head(compositionalFactors) #每个样本头一个因子(normalizationFactors) #每个样本一个因子# ---- warning=FALSE----------------------------------------------------------- #—如果使用metagenomeSeq normalizedObject <- mouseData #mouseData已经是一个metagenomeSeq对象normFactors(normalizedObject) <- normalizationFactors #—如果使用edgeR，我们必须传入组成因子edgerobj <- edgeR::DGEList(counts=counts, group = as.matrix(group)， norm。——如果使用DESeq/DESeq2 DESeq . factors= comtionalfactors) #obj <- DESeq2::DESeqDataSetFromMatrix(countData = counts, DataFrame(group)， ~ group) deseq. obj <- DESeq2::DESeqDataSetFromMatrix(countData = counts, DataFrame(group)， ~ group)obj sizeFactors (deseq.obj) < - normalizationFactors # #——警告= FALSE ----------------------------------------------------------- 时间< - as.numeric (as.character (pData (mouseData) relativeTime美元))。Levs <- cut(time, breaks = c(0,6,28,42,56,70)) overall_group <- paste(group, time.)列弗)#合并时间信息和信息分组W < -扳手(数量、条件= overall_group ) ## ---- sessionInfo -------------------------------------------------------------- sessionInfo ()