### R代码从vignette源的tr_2005_02。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:tr_2005_02。Rnw: 42-50 ################################################### 库(golubEsets) oldopt < -选项(数字= 3)。退出({选项(oldopt)})选项(宽度= 70)如果(互动()){选项(错误=恢复)}set.seed (123 ) ################################################### ### 代码块2号:tr_2005_02。Rnw: 149 - 150 ################################################### 库(adSplit ) ################################################### ### 代码块3号:tr_2005_02。Rnw: 158 - 160 ################################################### 库(golubEsets)数据(Golub_Merge ) ################################################### ### 代码块数量4:tr_2005_02。Rnw: 184 - 190 ################################################### e < - exprs var (Golub_Merge) < -应用(e, 1, var) e < - e (var >分位数(var, 0.9)] diana2means (e) diana2means (e, return.cut = TRUE ) ################################################### ### 代码块5号:tr_2005_02。Rnw: 199 - 201 ################################################### x < - diana2means (e, return.cut = TRUE) x美元削减 ################################################### ### 代码块6号:tr_2005_02。Rnw: 217 - 218 ################################################### adSplit (Golub_Merge,“去:0006915”,“hu6800 ") ################################################### ### 代码块7号:tr_2005_02。Rnw: 231 - 232 ################################################### adSplit (Golub_Merge,“去:0007165”,“hu6800 ") ################################################### ### 代码块8号:tr_2005_02。Rnw: 240 - 241 ################################################### adSplit (Golub_Merge,“去:0007165”,“hu6800”,max.probes = 7000 ) ################################################### ### 代码块9号:tr_2005_02。Rnw: 286 - 287 ################################################### EID2PSenv < - makeEID2PROBESenv (hu6800ENTREZID ) ################################################### ### 代码块10号:tr_2005_02。Rnw: 293 - 294 ################################################### drawRandomPS (10 EID2PSenv ls (EID2PSenv )) ################################################### ### 代码块11号:tr_2005_02。Rnw: 308 - 309 ################################################### 分数< - randomDiana2means (20, exprs (Golub_Merge),“hu6800”,ndraws = 1000 ) ################################################### ### 代码块12号:tr_2005_02。Rnw: 319 - 324 ################################################### exprs scores2 < - randomDiana2means(20日(Golub_Merge)、“hu6800 ndraws = 1000, ignore.genes = 5)标准(mfrow = c(1、2)嘘(分数,类= 30,主要= "坳=“灰色”)嘘(scores2类= 30,主要= "坳= "灰色 ") ################################################### ### 代码块13号:tr_2005_02。Rnw: 337 - 338 ################################################### glutamSplits < - adSplit (Golub_Merge“KEGG: 00251”,“hu6800”,B = 1000 ) ################################################### ### 代码块14号:tr_2005_02。Rnw: 346 - 347 ################################################### print (glutamSplits ) ################################################### ### 代码块数量15:tr_2005_02。Rnw:360-362 ################################################### x <- adSplit(Golub_Merge, c("GO:0007165","GO:0006915"), "hu6800", max.probes=7000) print(x) ################################################### ### code chunk number 16: tr_2005_02.Rnw:378-379 ################################################### x <- adSplit(Golub_Merge, "KEGG", "hu6800") ################################################### ### code chunk number 17: tr_2005_02.Rnw:381-382 ################################################### print(x) ################################################### ### code chunk number 18: tr_2005_02.Rnw:387-390 ################################################### data(golubKEGGSplits) print(golubKEGGSplits) summary(golubKEGGSplits$qvalues) ################################################### ### code chunk number 19: tr_2005_02.Rnw:421-423 ################################################### data(golubKEGGSplits) hist(golubKEGGSplits) ################################################### ### code chunk number 20: tr_2005_02.Rnw:437-438 ################################################### image(golubKEGGSplits, filter.fdr=0.3, outfile="splitSet.eps", res=300)