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这个描述列表对ampliCan我们收到的最常见问题。

1ampliCan可以用于取得,NICKASE或其他类型的基因组编辑吗?

是的,amplican可以或多或少的正常使用。预期的编辑网站还应该把大写字母,但应在二聚体跨两个结合位点之间的地区。然后引导序列列通常设置为一样的大写。如果你有控制,你应该确保他们的指南列和组列作为标准化的实验都是相同的。

amplican标准化是多才多艺的。在默认管道guideRNA和组列确定哪些实验规范化的。控制列指定是什么被认为是控制与案例。guideRNA和组相匹配的控制平均,用于规范化每读取组具有相同guideRNA和组。

ID	guideRNA	集团	控制
1	代理	g1	0
2	代理	g1	0
3	代理	g1	1
4	代理	g2	1
5	代理	g2	0
6	代理	g2	0

在上面的示例中,默认的配置,实验1和2将规范化ID 3,而ID与ID 4 5和6。

然而,当另一个用户只能通过guideRNA正常化匹配通过指定正常化= c (“guideRNA”)在amplicanPipeline。如果是这样,ID 3和4将平均,将用于所有情况下,因为所有实验匹配guideRNA正常化。

独特的阅读是阅读的数量当所有副本都只计算一次。paired-end测序我们reuiqre正向和反向读的组合是独一无二的。这是一个简单的指标的异质性。

如果你有许多读取,但很少有独特的它意味着许多读取相同的。可能是因为CRISPR并未减少,或削减了非常具体的方式。如果你有独特的读取次数很高,你的阅读主要是彼此不同的。测序错误,对齐和马赛克CRISPR活动有助于这一点。这两种情况下可能发生在成功的实验,但通常几读取采样往往更频繁。

Reads_Del是读取的数量有一个删除,Reads_Ins是读取的数量有一个插入。Reads_Edited有编辑的阅读数量,包括读取插入和删除。

ampliCan目前不能直接处理ABI,但是ABI可以转化成fastq文件使用其他软件。

主要有两个原因改变正常化阈值:

当需要精度高(0.01%以下)它有利于降低阈值如正常化。min_freq = 0.001如果你有足够的测序深度
当你有一个同质的遗传背景或你的测序深度较低可能是有益的设置阈值更高。min_freq = 0.1。
你怀疑/希望有指数跳跃发生在你读,在这种情况下你应该调整阈值。min_freq = 0.03如预期指数跳水平可高达0.02可以混淆频率和遗传背景在正常化,如果阈值保持在违约。

这应该是明显的情节不匹配,不匹配的频率线的控制应该给你一个想法什么是背景噪音水平。

你可以调整阈值正常化min_freq = 0.15或使用功能amplicanPipelineConservative。