# # - - - - -设置,呼应= FALSE,结果=“隐藏”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(整洁= FALSE,缓存= FALSE, dev =“png”,消息= FALSE,错误= FALSE,警告= TRUE) # #——快速入门,eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # b < - BSseq(=对应,从而向pos = pos # M = M x = x, # sampleNames = sampleNames) # pData (bs)美元条件< - <泰爱泰党# #区域dmrseq (b = b, testCovariate =“条件”)# #——bismarkinput - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(dmrseq) infile < -执行(“extdata / test_data.fastq_bismark.bismark.cov。广州”,包= bsseq) bismarkBSseq < -阅读。俾斯麦(文件= infile rmZeroCov = TRUE, strandCollapse = FALSE, verbose = TRUE) bismarkBSseq # #——解剖,结果=“隐藏”,回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -数据(“BS.chr21”) M < - getCoverage (BS。chr21, x和类型=“M”) < - getCoverage (BS。chr21, type = " x ")所对应< - as.character (seqnames (BS.chr21)) pos < -开始(BS.chr21) celltype < pData (BS.chr21)美元celltype sampleNames < - sampleNames (BS.chr21) # #——fromScratch - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - (M)负责人(浸)(科)负责人(pos)暗(M)的(x)长(科)长(pos)打印(sampleNames)打印(celltype) b <——BSseq(=对应,从而向pos = pos, M = M x = x, sampleNames = sampleNames)显示(bs) # #——清理,结果=“隐藏”,回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - rm(米、浸、pos、空空bismarkBSseq) # #元- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - pData (bs)美元celltype < - celltype pData (bs)复制< - substr (sampleNames, nchar (sampleNames) nchar (sampleNames)) pData (bs) # # - - - - -过滤- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #位点和样本指标保持位点。idx <——(DelayedMatrixStats:: rowSums2 (getCoverage (b, type = " x ") = = 0) = = 0)样本。idx <——(pData (bs)美元CellType % % c (“imr90”、“h1)) bs。过滤< - b位点。idx,样本。idx) # # =“隐藏”——结果,回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - rm (bs.filtered) # #——mainfunction,消息= TRUE,警告= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - testCovariate < < -“CellType”地区——dmrseq (b = b(240001:260000,),截止= 0.05,testCovariate = testCovariate) # #——showresults - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -显示(地区)# #——平行,eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #库(“BiocParallel”) #注册(MulticoreParam(4) # #——块,消息= TRUE,警告= TRUE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - testCovariate < -“CellType”块< - dmrseq (b = b(120001:125000,),截止= 0.05,testCovariate = testCovariate块= TRUE, minInSpan = 500, bpSpan = 5 e4, maxGapSmooth = 1 e6, maxGap = 5 e3)头(块)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sum(地区qval < 0.05美元)#选择下面的地区罗斯福0.05和地点在一个新的data.frame sigRegions < -区域(区域美元qval < 0.05) # #——超级- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sum (sigRegions统计> 0美元)/长度(sigRegions) # #——情节,。宽度= \ \ textwidth, fig.height = 2.5,警告=“隐藏”- - - - - - - - - - - #得到注释hg18 annoTrack <——getAnnot (hg18) plotDMRs (b,区域=区域[1],testCovariate =“CellType annoTrack = annoTrack) # #——plotblock,。宽度= ' \ \ textwidth ' fig.height = 2.5, =警告“隐藏”- - - - - - plotDMRs (bs、地区=块[1],testCovariate =“CellType annoTrack = annoTrack) # #——plot2 fig.height = 3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plotEmpiricalDistribution (b, testCovariate =“CellType”) # #——plot3 fig.height = 3 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plotEmpiricalDistribution(废话,testCovariate =“CellType”类型=“浸”,bySample = TRUE) # #——出口,eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # write.csv (as.data.frame(地区),#文件=“h1_imr90_results.csv”) # #——meandiff - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - rawDiff < - meandiff (b, dmr = sigRegions testCovariate =“CellType”) str (rawDiff) # # - - - - - sim - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -数据(BS.chr21) #重新排序样本创建一个空比较bs。空< - BS.chr21 [1:20000 c(1、3、2、4)] #添加100 dmr BS.chr21。sim < - simDMRs (b = b。空,num.dmrs = 100) # bsseq对象与原空+模拟dmr显示(BS.chr21.sim bs美元)#在飙升的坐标dmr显示(BS.chr21.sim gr.dmrs美元)#效应大小头(BS.chr21.sim三角洲美元)# #——sessionInfo - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()