该小插图将指导您分析从实验中的一个示例流式细胞仪数据集，该实验检查从芽酵母的液体培养物中的合成生物回路中检查延时荧光报告基水平。在此示例电路中，荧光报告基因表达是由转录因子/转录阻遏物复合物介导的。转录阻遏物通过泛素蛋白酶体系统降解，以响应小分子。通过流式细胞仪，每10分钟大约测量荧光水平。在这里，我们演示了如何将结果.FCS文件导入R，GATE并用实验元数据注释此数据（例如拉紧和治疗对于每个样本），为每个样本和时间点生成摘要统计信息，最后绘制此数据（在这种情况下为激活曲线）。
＃Importing和注释数据使用使用流式细胞术数据导入您的流式细胞仪数据read.flowset。在这里，我们将导入一个示例Flowset。
板1 < -read.flowset（（路径=system.file（（“ Extdata”，，，，“ TC_example”，，，，软件包=“流动时间”），Alter.Names =真的）＃将板号添加到采样名称，在此示例中，我们已经完成了＃此步骤Samplenames（plate1）< - 粘贴（'1 _'，Samplenames（plate1），sep =''）dat < -板1如果您有几个板，则可以重复此代码并可以组合每个板（使用rbind2）组装完整的数据集。
板2 < -read.flowset（（路径=粘贴（实验，“ _2/”，，，，sep =“”），Alter.Names =真的）采样（板2）< -粘贴（（“ 2_”，，，，采样（板2），sep =“”）dat < -rbind2（板1，板2）现在我们导入元数据表。
这采样组装流量（（dat在此示例中）必须匹配注解。我们还可以从数据集创建此列并附加注释列。唯一标识符列的顺序无关紧要，因为AnnotateFlowset将加入注解至dat通过匹配标识符。
采样（dat）＃查看示例名称采样（dat）==注解$ID＃如果此列为＃与流量集的示例名称相同。注释< -cbind（注解，名称=采样（dat））＃如果采样名称和唯一标识符处于正确的顺序＃命令将添加采样名称作为标识符。最后，我们可以使用该元数据将此元数据连接到流量AnnotateFlowset功能。
adat < -AnnotateFlowset（DAT，注释）头（（隆起（（pdata（adat））））＃> [1]“ 0_A08.FCS”“ 0_B08.FCS”“ 0_C08.FCS”“ 0_D08.FCS”“ 0_E08.FCS”“ 0_F08.FCS”头（（pdata（adat））＃>名称X菌株RD ARF AFB处理＃> 0_A08.FCS 0_A08.FCS 0_A08 3 TPLRD1 19 AFB2 0＃> 0_B08.FCS 0_B08.FCS 0_B08 3 TPLRD1 19 AFB2 0＃> 0_C08.FCS 0_C08.FCS 0_C08 3 TPLRD1 19 AFB2 0＃> 0_D08.FCS 0_D08.FCS 0_D08 3 TPLRD1 19 AFB2 0＃> 0_E08.FCS 0_E08.FCS 0_E08 3 TPLRD1 19 AFB2 0＃> 0_F08.FCS 0_F08.FCS 0_F08 3 TPLRD1 19 AFB2 0现在，我们可以节省此流量，任何永久性的人都可以轻松地加载和分析该注释的流量！
write.flowset（adat，OUTDIR =“您的/喜欢/目录”）read.flowset（（“ Flowset文件夹”，，，，路径=“您的/流/目录”，，，，phenodata =“ Annotation.txt”，，，，Alter.Names =真的）#compiling和绘制数据现在我们准备在此分析原始数据流量。在这个时间课程实验中，我们将使用总结功能。此功能将每个功能登机流框在里面流量并编译并返回数据框架每个指定频道的摘要统计信息流框。这个数据框架然后可以用于可视化完整的数据集。
＃为BD精确C6胞胎仪加载门集负载门（（GatesFile =“ c6gates.rdata”，，，，路径=system.file（（“ Extdata”，，，，软件包=“流动时间”））dat_sum < -总结（adat，倍元=“二倍体”，，，，仅=“单身”，，，，频道=“ fl1.a”）＃> [1]“用二倍体单线门控盖板...”QPLOT（（x =时间，y =fl1.amean，数据=dat_sum，LineType =因素（治疗））+geom_line（）+XLAB（（“添加了生长素后的时间（最小）”）+ylab（（“报告基因荧光（AU）”）+scale_color_discrete（（名称=表达（（粘贴（（“生长素（”，Mu，，“ m）”，，，，sep =“”）））+them_classic（（base_size =14，，，，base_family =“ Arial”）