来自vignette源的geneClassifiers的R代码。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:geneClassifiers。Rnw: 43-44 ################################################### 库(geneClassifiers ) ################################################### ### 代码块2号:geneClassifiers。Rnw: 70 - 71 ################################################### showClassifierList () ################################################### ### 代码块3号:geneClassifiers。Rnw: 75 - 80 ################################################### EMC92Classifier < -getClassifier (EMC92) EMC92Classifier HM19Classifier < -getClassifier HM19Classifier(“HM19”) ################################################### ### 代码块数量4:geneClassifiers。Rnw: 92 - 93 ################################################### getWeights (EMC92Classifier) [1:10 ] ################################################### ### 代码块5号:geneClassifiers。Rnw: 97 - 98 ################################################### getDecisionBoundaries (HM19Classifier ) ################################################### ### 代码块6号:geneClassifiers。Rnw: 101 - 102 ################################################### getEventChain (EMC92Classifier ) ################################################### ### 代码块7号:geneClassifiers。Rnw: 112 - 117 ################################################### 库(Biobase)数据(exampleMAS5)类(exampleMAS5) #一个对象类ExpressionSet暗(exampleMAS5) preproc (experimentData (exampleMAS5 )) ################################################### ### 代码块8号:geneClassifiers。Rnw: 122 - 124 ################################################### fixedData < - setNormalizationMethod (exampleMAS5方法=“MAS5.0 targetValue = 500) fixedData ################################################### ### 代码块9号:geneClassifiers。Rnw: 149 - 154 ################################################### resultsEMC92 < - runClassifier(“EMC92”,fixedData) resultsUAMS70 < - runClassifier(“UAMS70”,fixedData) resultsEMC92 resultsUAMS70 ################################################### ### 代码块10号:geneClassifiers。Rnw: 160 - 166 ################################################### data.frame(“score_EMC92”= getScores (resultsEMC92),“class_EMC92”= getClassifications (resultsEMC92),“score_UAMS70”= getScores (resultsUAMS70) = getClassifications (resultsUAMS70“class_UAMS70” ) ) ################################################### ### 代码块11号:geneClassifiers。Rnw: 192 - 215 ################################################### resultsEMC92。reWeighted <- runClassifier("EMC92"， fixedData[1:70，]，允许。reweighted=TRUE)再加权图(x = getScores (resultsEMC92), y = getScores (resultsEMC92.reWeighted) xlab =“完整”,ylab =“再加权”,主要=“EMC92分数”,pch = 21, bg = '黑色')行(c(-10年,10),c(-10年,10),坳= 2,lty = 2) abline (v = getDecisionBoundaries (getClassifier (resultsEMC92)), h = getDecisionBoundaries (getClassifier (resultsEMC92.reWeighted)),坳= '红色 ' ) ################################################### ### 代码块12号:geneClassifiers。Rnw: 218 - 219 ################################################### sessionInfo ()