# #——风格,回声= FALSE,结果=“黑名单”,消息= FALSE ------------------------- knitr: opts_chunk美元集(整洁= FALSE,消息= FALSE) # #——回声= FALSE --------------------------------------------------------------- CRANpkg (pkg){凹口< < -功能-“https://CRAN.R-project.org/package”fmt <”(% s) (% s = % s)“sprintf (fmt,包裹,凹口,包裹)}Biocpkg < -函数(pkg) {sprintf(“(% s) (//www.andersvercelli.com/packages/%s)”,包裹,包裹 ) } ## ---- treeman,呼应= FALSE,。extra= "， message=FALSE------------------------- treeman <- matrix(c("collapse"， "collapse a selected clade"， "expand"， "expand collapse clade"， "flip"， "交换共享父节点的两个clade的位置"，"groupClade"， "对clades进行分组"，"groupOTU"， "通过追溯最近的共同祖先对OTUs进行分组"，"identify"， "interactive tree manipulation"， "rotate"， "将选定的clade旋转180度"，"rotate_tree"， "按特定角度旋转圆形布局树"，"scaleClade"， "放大或缩小选择分支"，"open_tree"， "通过特定的打开角度将树转换为扇形布局")，ncol=2, byrow=TRUE) treeman <- ras .data.frame(treeman) colnames(treeman) <- c("Function"， " description ") knitr::kable(treeman, caption = "树操作函数"，booktabs =T) ## ----geoms, echo=FALSE, message=FALSE----------------------------------------- geoms <- matrix(c("geom_balance"， "突出显示内部节点的两个直接后代分支"，"geom_cladelabel"， "用条形和文本标签标注一个分支"，"geom_cladelabel2"， "用条形和文本标签标注一个分支以实现无根布局"，"geom_hilight"， "高亮显示一个带矩形的分支"，" geom_hilight_包环"，"用xspline高亮显示一个分支以实现无根布局"，"geom_label2"， "geom_label2"， "修改版的geom_label，支持子设置"，"geom_nodelab"， "节点标签层，可以是文本或图像"，"geom_nodepoint"， "用符号点标注内部节点"，"geom_point2"， "修改版的geom_point，支持子设置"，"geom_range"， "bar layer to present uncertainty evolutionary inference"， "geom_rootpoint"， "用符号点标注根节点"，"geom_segment2"， "修改版的geom_segment，支持子设置"，"geom_strip"， "用bar和(可选)文本标签标注相关的分类单元"，"geom_taxalink"， "通过曲线链接两个相关的分类单元"，"geom_text2"， "修改版的geom_text，支持子设置"，"geom_tiplab"， "提示标签层，可以是文本或图像"，"geom_tiplab2"， "用于圆形布局的提示标签层"，"geom_tippoint"， "用符号点注释外部节点"，"geom_tree"， "树形结构层，支持多种布局"，"geom_treescale"， "树枝规模图例")，ncol=2, byrow=TRUE) geoms <- as.data.frame(geoms) colnames(geoms) <- c(" layer "， "Description") knitr::kable(geoms, caption = " ggtree中定义的Geom层。"，booktabs = T)