## ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------＃＃library（mirlab）＃＃dataset = system.file（“ extdata”，“ emt35.csv”，package =“ mirlab”) # cause=1:35 #column 1:35 are miRNAs # effect=36:1189 #column 36:1189 are mRNAs # # #predict miRNA targets using Pearson correlation # pearson=Pearson(dataset, cause, effect) # # #使用共同信息＃mi = mi（数据集，原因，效果）＃＃＃#predict miRNA目标使用因果推理＃ida = ida = ida（数据集，原因，效果，稳定”，0.01）＃＃＃＃＃＃＃线性回归＃lasso = lasso（数据集，原因，效果）＃## --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------＃图书馆（Mirlab）＃＃validate top100目标的结果每个miRNA预测＃＃by四个方法＃dataset = system.file（“ extdata”，“ toyemt.csv”，package =“ mirlab”）＃pearson = pearson（dataset，1：3，4：3，4：3，4：3，4：3，4：3，4：3，4：3，4：3，4：3，4：3，4：3，4：3，4：3，4：3，4：3，4：18）＃mir200Atop10 =Brank（Pearson，3，10，true）＃groundTruth = System.File（“ Extdata”，“ Toygrou）ndtruth.csv“，package =“ mirlab”）＃mir200Atop10confirmed =验证（mir200Atop10，swardtruth）## ------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------＃图书馆（Mirlab）＃validate每个miRNA的前100个目标的结果预测＃by四个方法＃dataset = system.file（“ extdata”，“ toyemt.csv”，package =“ mirlab”）＃emtresults = pearson（dataset，1：3，4：18）＃top10 = extopk（emtresults，10）＃groundTruth = system.file（“ extdata”，“ toygroundTruth.csv”，package =“ mirlab”）＃top10 confirmed =验证（top10，top10，groundtruth）评估= false -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------＃library（mirlab）＃dataset = system.file（“ extdata”，“ toyemt.csv”，package =“ mirlab”）＃dataset = read（dataset） # dataset[1:5,1:7] ## ---- eval=FALSE-------------------------------------------------------------- # library(miRLAB) # groundtruth=system.file("extdata", "Toygroundtruth.csv", package="miRLAB") # groundtruth=Read(groundtruth) # groundtruth[1:5,]