1介绍

这微生物组R包促进基于Thyloseq的分类分析数据的探索和分析。该小插图提供了一个简短的概述，其中包含来自已发表的微生物组分析研究的示例数据集。提供更全面的教程在线的。

在我们继续维护此R软件包的同时，该开发已经停止使用，因为我们已经转向了基于新的TreeMummarizedExperiment Data容器的支持方法开发，从而为多摩管数据分析提供了附加功能。检查多重项目有关详细信息。

在Microbiome R软件包中，提供了用于分类分析数据的操作，统计分析和可视化的工具。除了有针对性的病例对照研究外，该软件包还有助于对人群的可扩展探索。尽管样本收集迅速积累了人体和其他环境，但很少有用于目标微生物组分析的通用工具。此软件包支持独立门索数据格式并扩展可用的工具包，以促进分析的标准化和最佳实践的发展。

我们欢迎用户社区通过问题跟踪器和拉请求。看到Github网站用于源代码和其他详细信息。这些R工具在两项freeBSD许可证。

请列举工作如下：“ Leo Lahti等。（Bioconductor，2017-2020）。R.微生物组包装版本中的微生物组分析工具。URL ：（http://microbiome.github.io/microbiome）

2安装

将包装加载到R中（从生物导体安装后）：

图书馆（微生物组）

3进一步阅读

这在线教程提供许多其他工具和示例，并提供更彻底的描述。该软件包和教程正在进行中。我们欢迎反馈，例如通过问题跟踪器，，，，拉请求，或通过吉特。

4致谢

谢谢大家贡献者。芬兰学院（256950和295741）提供了财政支持，图尔库大学。

这项工作严重依赖独立门索Paul McMurdie和Susan Holmes开发的基于R的微生物组分析的包装和数据结构。