### R代码从小插曲源'myvariant。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:style-Sweave ################################################### BiocStyle:乳胶 () ################################################### ### 代码块2号:myvariant。Rnw:尺码 ################################################### 库(myvariant)库(VariantAnnotation ) ################################################### ### 代码块3号:myvariant。Rnw: 37-40 ################################################### 文件。路径<- system。文件(“extdata”、“dbsnp_mini。vcf <- readVcf(文件="myvariant")路径,基因组= " hg19 " rowRanges (vcf) ) ################################################### ### 代码块数量4:myvariant。Rnw: 46-48 ################################################### hgvs发布< - formatHgvs (vcf variant_type = snp)头(hgvs发布 ) ################################################### ### 代码块5号:myvariant。Rnw: 59 - 62 ################################################### 变异< - getVariant(“chr1: g.35367G >“)变体[[1]]dbnsfp genename变体美元[[1]]cadd phr美元 ################################################### ### 代码块6号:myvariant。Rnw: 72 - 74 ################################################### getVariants (c(“chr1: g。35367 G > A”、“chr16: g.28883241A > G”),字段= " cadd.consequence ") ################################################### ### 代码块7号:myvariant。Rnw: 88 - 89 ################################################### queryVariant (q = " dbnsfp。genename: = c(“cadd MLL2”字段。phr”、“cadd.consequence ")) ################################################### ### 代码块8号:myvariant。Rnw: 96 - 97 ################################################### queryVariant (q = " rs58991260 "字段=“dbsnp.flags”)美元 ################################################### ### 代码块9号:myvariant。Rnw: 107 - 110 ################################################### rsids < -粘贴(“rs”信息(vcf) rs美元,9 = " ")res < queryVariants (q = rsids范围= " dbsnp。Rsid "， fields="all")子集(res， !is.na(wellderly.vartype))$query