1如何编写CSV板模板

opencyto软件包是使用电子表格来组成门控方案。基本上,每一行对应于门控层次树中的一个总体节点。但是,有时描述每个人群的详细信息。因此,在这里,我们将解释如何使模板更简洁,以易于使用流行音乐别名图案。

1.1流行音乐=“ +/-”

对于1D/2D门控函数,我们通常对通过设置正面(代表门内的单元事件)或通过设置为负的(或否定,代表门外的单元事件)感兴趣流行音乐列形式+或者-。但是有时候我们想对两者进行下游门控。通过指定流行音乐作为+/-, 这模板解析器将其内部扩展为两行。

例如,此行将自动扩展

别名 流行音乐 父母 昏暗 Gating_method Gating_args
* +/- CD3 CD4 思想

到两行:

别名 流行音乐 父母 昏暗 Gating_method Gating_args
CD4+ + CD3 CD4 思想
CD4- - CD3 CD4 refgate CD3/CD4+

请注意,第二行使用refgate它只是复制由计算的门坐标思想在第一行,并将负符号分配给流行音乐指示感兴趣的人群的专栏是CD4负

1.2流行音乐=“ ++”

通常,我们需要分别在两个维度上应用1D门控函数,然后使用两个切割点构造矩形为了捕获掉入2-D投影的一个特定象限的单元事件,例如T助手细胞通常表示为CD4+CD8-。而不是在模板中编写三行,而只需使用++图案中的图案流行音乐柱子。
例如

别名 流行音乐 父母 昏暗 Gating_method Gating_args
T助手 + - CD3 CD4,CD8 思想

模板解析器将自动照顾扩展。

别名 流行音乐 父母 昏暗 Gating_method Gating_args
CD4+ + CD3 CD4 思想
CD8+ + CD3 CD8 思想
T助手 + - CD3 CD4,CD8 refgate CD3/CD4+:CD3/CD8+

如我们所见,前两行通过思想第三行只是使用两个1D门的坐标(CD4+CD8+)并构建一个矩形(t助手)使用refgate作为Gating_method。和+-签名与尺寸一起确定要保留哪个象限。

1.3流行音乐=“+/ - +/ - ”

显然,我们可能希望通过使用相同的机制获得多个象限。例如,我们可以设置流行音乐+/ - +/ -保留四个象限中的所有。

别名 流行音乐 父母 昏暗 Gating_method Gating_args
* +/ - +/ - CD3 CD4,CD8 思想

它将扩展到六行:

别名 流行音乐 父母 昏暗 Gating_method Gating_args
CD4+ + CD3 CD4 思想
CD8+ + CD3 CD8 思想
CD4+CD8+ ++ CD3 CD4,CD8 refgate CD3/CD4+:CD3/CD8+
CD4-CD8+ - + CD3 CD4,CD8 refgate CD3/CD4+:CD3/CD8+
CD4+CD8- + - CD3 CD4,CD8 refgate CD3/CD4+:CD3/CD8+
CD4-CD8- - CD3 CD4,CD8 refgate CD3/CD4+:CD3/CD8+

前两个进行实际门控,其余四个使用两个1D门来构造四个不同矩形s代表四个不同的象限。

1.4产生多个人群的门控方法

1.4.1流行音乐=“*”和别名=“ A,B,C”

到目前为止,我们一直在谈论只返回一个门对象的门控函数(S4类延伸FlowCore ::过滤器)。如果我们要应用门控函数(例如。curv2filter或者flowclust :: tmixfilter)返回多个大门,我们可以设置流行音乐*并在其中指定多个人口名称别名带有逗号分隔的字符。

别名 流行音乐 父母 昏暗 Gating_method Gating_args
CD4,CD8 * CD3 CD4,CD8 curv2gate

我们假设在这里Curv1gate总是返回大门按顺序C(“ CD4”,“ CD8”),然后是人口名称别名列将与这两个门和两个匹配dummy_gate生成的行是简单地用作使用的参考
作为父母下游门的节点。

别名 流行音乐 父母 昏暗 Gating_method Gating_args
CD4,CD8 * CD3 CD4,CD8 curv2gate
CD4 CD3 CD4,CD8 dummy_gate CD3/CD4,CD8
CD8 CD3 CD4,CD8 dummy_gate CD3/CD4,CD8

1.4.2流行音乐=““ 和别名=“透明

如果我们不知道会返回多少门curv2gate或不确定的门的顺序,因此我们将无法命名这些人群。只要不使用它们父母进一步门控的节点(即终端门S),我们可以简单地设置别名*

别名 流行音乐 父母 昏暗 Gating_method Gating_args
* * CD3 CD4,CD8 curv2gate

这不会在opencyto框架。但是,将生成多个人群并将其添加到gatingset目的。他们由过滤器插槽筛选对象。

1.5与多个父母的一行(即父母=“ A,B,C”)

如果使用相同的门控方法(或refgate)需要应用于多个父母,可以将它们写入单行。例如,

别名 流行音乐 父母 昏暗 Gating_method Gating_args
IL2+ + CD4,CD8 IL2 refgate CD3/IL2+

该行被解释为复制IL2已经生成的门CD3人口并将其应用于CD4CD8,等同于下面的行

别名 流行音乐 父母 昏暗 Gating_method Gating_args
IL2+ + CD4 IL2 refgate CD3/IL2+
IL2+ + CD8 IL2 refgate CD3/IL2+