这opencyto软件包是使用电子表格来组成门控方案。基本上,每一行对应于门控层次树中的一个总体节点。但是,有时描述每个人群的详细信息。因此,在这里,我们将解释如何使模板更简洁,以易于使用流行音乐
和别名
图案。
流行音乐
=“ +/-”对于1D/2D门控函数,我们通常对通过设置正面(代表门内的单元事件)或通过设置为负的(或否定,代表门外的单元事件)感兴趣流行音乐
列形式+
或者-
。但是有时候我们想对两者进行下游门控。通过指定流行音乐
作为+/-
, 这模板解析器
将其内部扩展为两行。
例如,此行将自动扩展
别名 | 流行音乐 | 父母 | 昏暗 | Gating_method | Gating_args |
---|---|---|---|---|---|
* | +/- | CD3 | CD4 | 思想 |
到两行:
别名 | 流行音乐 | 父母 | 昏暗 | Gating_method | Gating_args |
---|---|---|---|---|---|
CD4+ | + | CD3 | CD4 | 思想 | |
CD4- | - | CD3 | CD4 | refgate | CD3/CD4+ |
请注意,第二行使用refgate
它只是复制由计算的门坐标思想
在第一行,并将负符号分配给流行音乐
指示感兴趣的人群的专栏是CD4负
。
流行音乐
=“ ++”通常,我们需要分别在两个维度上应用1D门控函数,然后使用两个切割点构造矩形
为了捕获掉入2-D投影的一个特定象限的单元事件,例如T助手
细胞通常表示为CD4+CD8-
。而不是在模板中编写三行,而只需使用++
图案中的图案流行音乐
柱子。
例如
别名 | 流行音乐 | 父母 | 昏暗 | Gating_method | Gating_args |
---|---|---|---|---|---|
T助手 | + - | CD3 | CD4,CD8 | 思想 |
模板解析器将自动照顾扩展。
别名 | 流行音乐 | 父母 | 昏暗 | Gating_method | Gating_args |
---|---|---|---|---|---|
CD4+ | + | CD3 | CD4 | 思想 | |
CD8+ | + | CD3 | CD8 | 思想 | |
T助手 | + - | CD3 | CD4,CD8 | refgate | CD3/CD4+:CD3/CD8+ |
如我们所见,前两行通过思想
第三行只是使用两个1D门的坐标(CD4+
和CD8+
)并构建一个矩形
(t助手)使用refgate
作为Gating_method
。和+
和-
签名与尺寸一起确定要保留哪个象限。
流行音乐
=“+/ - +/ - ”显然,我们可能希望通过使用相同的机制获得多个象限。例如,我们可以设置流行音乐
至+/ - +/ -
保留四个象限中的所有。
别名 | 流行音乐 | 父母 | 昏暗 | Gating_method | Gating_args |
---|---|---|---|---|---|
* | +/ - +/ - | CD3 | CD4,CD8 | 思想 |
它将扩展到六行:
别名 | 流行音乐 | 父母 | 昏暗 | Gating_method | Gating_args |
---|---|---|---|---|---|
CD4+ | + | CD3 | CD4 | 思想 | |
CD8+ | + | CD3 | CD8 | 思想 | |
CD4+CD8+ | ++ | CD3 | CD4,CD8 | refgate | CD3/CD4+:CD3/CD8+ |
CD4-CD8+ | - + | CD3 | CD4,CD8 | refgate | CD3/CD4+:CD3/CD8+ |
CD4+CD8- | + - | CD3 | CD4,CD8 | refgate | CD3/CD4+:CD3/CD8+ |
CD4-CD8- | - | CD3 | CD4,CD8 | refgate | CD3/CD4+:CD3/CD8+ |
前两个进行实际门控,其余四个使用两个1D门来构造四个不同矩形
s代表四个不同的象限。
流行音乐
=“*”和别名
=“ A,B,C”到目前为止,我们一直在谈论只返回一个门对象的门控函数(S4类
延伸FlowCore ::过滤器
)。如果我们要应用门控函数(例如。curv2filter
或者flowclust :: tmixfilter
)返回多个大门,我们可以设置流行音乐
至*
并在其中指定多个人口名称别名
带有逗号分隔的字符。
别名 | 流行音乐 | 父母 | 昏暗 | Gating_method | Gating_args |
---|---|---|---|---|---|
CD4,CD8 | * | CD3 | CD4,CD8 | curv2gate |
我们假设在这里Curv1gate
总是返回二
大门按顺序C(“ CD4”,“ CD8”)
,然后是人口名称别名
列将与这两个门和两个匹配dummy_gate
生成的行是简单地用作使用的参考
作为父母
下游门的节点。
别名 | 流行音乐 | 父母 | 昏暗 | Gating_method | Gating_args |
---|---|---|---|---|---|
CD4,CD8 | * | CD3 | CD4,CD8 | curv2gate | |
CD4 | CD3 | CD4,CD8 | dummy_gate | CD3/CD4,CD8 | |
CD8 | CD3 | CD4,CD8 | dummy_gate | CD3/CD4,CD8 |
流行音乐
=““ 和别名
=“透明如果我们不知道会返回多少门curv2gate
或不确定的门的顺序,因此我们将无法命名这些人群。只要不使用它们父母
进一步门控的节点(即终端门
S),我们可以简单地设置别名
至*
。
别名 | 流行音乐 | 父母 | 昏暗 | Gating_method | Gating_args |
---|---|---|---|---|---|
* | * | CD3 | CD4,CD8 | curv2gate |
这不会在opencyto
框架。但是,将生成多个人群并将其添加到gatingset
目的。他们由过滤器
插槽筛选
对象。
父母
=“ A,B,C”)如果使用相同的门控方法(或refgate
)需要应用于多个父母,可以将它们写入单行。例如,
别名 | 流行音乐 | 父母 | 昏暗 | Gating_method | Gating_args |
---|---|---|---|---|---|
IL2+ | + | CD4,CD8 | IL2 | refgate | CD3/IL2+ |
该行被解释为复制IL2
已经生成的门CD3
人口并将其应用于CD4
和CD8
,等同于下面的行
别名 | 流行音乐 | 父母 | 昏暗 | Gating_method | Gating_args |
---|---|---|---|---|---|
IL2+ | + | CD4 | IL2 | refgate | CD3/IL2+ |
IL2+ | + | CD8 | IL2 | refgate | CD3/IL2+ |