# #——回声= FALSE,结果=“隐藏”,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -要求(knitr)美元opts_chunk组(错误= FALSE,消息= FALSE,警告= FALSE) # #——风格,呼应= FALSE,结果=“黑名单”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - BiocStyle::减价()# #——install-quantro - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“quantro”) # #——lib-load,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(quantro) # #——数据加载,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(minfi)数据(flowSorted) p < - getBeta (flowSorted,抵消= 100)pd <——pData (flowSorted)暗(p)头(pd) # #——plot-distributions-density fig.height = 5, fig.width = 6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - matdensity (p, groupFactor = pd CellType美元,xlab = " ", ylab =“密度”,主要=“β值”,布鲁尔。n = 8, brewer.name = " Dark2”)传说(“顶级”,c (“NeuN_neg”、“NeuN_pos”),坳= c (1、2), lty = 1, lwd = 3) # #——plot-distributions-boxplot fig.height = 5, fig.width = 6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - matboxplot (p, groupFactor = pd CellType美元,xaxt =“n”,主要=β值)# #——calculate-quantro1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - qt < - quantro(对象= p, groupFactor = pd CellType美元)qt # #——quantro-summary - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -总结(qt) # #——quantro-medians - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -方差分析(qt) # #——quantro-quantroStat - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - quantroStat (qt) # #——flowSorted-fullEx - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - (flowSorted, MethylSet) qt < - quantro (flowSorted groupFactor = pData (flowSorted) CellType美元)qt # #——quantro-parallel - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(doParallel) registerDoParallel(核心= 1)qtestPerm <——quantro (p, groupFactor = pd CellType美元,B = 1000) qtestPerm # #——quantro-plot fig.height = 5, fig.width = 6 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - quantroPlot (qtestPerm) # #——sessionInfo,结果=“标记”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()