1先决条件

你所需要的就是这个rWikiPathways包!如果您正在查看这个小插图，那么您可能已经安装和加载了rWikiPathways例如，通过:

如果(!“rWikiPathways”%in% installed.packages()){if (!requireNamespace("BiocManager"， quiet =TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("rWikiPathways")} library(rWikiPathways)

2开始

让我们先了解一下维基路径包含了什么。例如，以下是如何查看维基路径目前支持哪些物种:

listOrganisms ()

你应该会看到30个或更多的物种。此列表对于采用生物参数，以避免拼写错误。

接下来，让我们看看人类有多少条路径:

海关。pathways <- listPathways('Homo sapiens') hs.pathways

呵!这是很多的信息。让我们来分析一下:

? listPathways长度(hs.pathways)

好的。帮助文档告诉我们，对于每个人类路径，我们都获得了大量的信息。一个简单的长度函数可能是你真正想知道的。或者如果你只对一个特定的信息感兴趣，看看这些函数:

listpathwayid, listPathwayNames, listPathwayUrls

这些返回简单的列表，仅包含每个路径结果的特定信息。

最后，还有另一种方法可以找到感兴趣的路径:通过Xref。Xref只是官方源代码的标准化标识符。WikiPathways依赖于BridgeDb[２]为基因、蛋白质和代谢物提供数十个Xref来源。查看完整列表https://github.com/bridgedb/datasources/blob/main/datasources.tsv

与rWikiPathways在美国，方法很简单。取感兴趣分子的支持标识符，例如HGNC的官方基因符号“TNF”，并检查系统代码对于数据源，例如HGNC = H(这来自于datasoures .txt表的第二列)，然后形成你的查询:

肿瘤坏死因子。pathways <- findPathwaysByXref('TNF'，'H') TNF .pathways

Ack !这是很多的信息。我们不仅提供路径信息，而且还提供搜索结果分数，以防您想对结果进行排名等。同样，如果你感兴趣的是wpid，名称或url，那么有这些方便的替代方案，只返回简单的列表:

? ?findPathwayIdsByXref

请注意:简单的长度函数可能会误导，因为如果Xref出现多次，则给定的路径将被列出多次。

3.我最喜欢的路径

此时，我们应该已经从上面的查询中确定了一条或多条路径。让我们假设我们确定了“WP554”，Ace抑制途径(https://wikipathways.org/instance/WP554)．我们将在后续查询中使用它的WPID (WP554)。

首先，我们可以获得关于路径的信息(如果我们上面没有收集到的话):

getPathwayInfo(“WP554”)

接下来，我们可以获得路径中包含的所有xref，并将其映射到我们选择的数据源。多方便啊!我们使用相同的系统代码如上所述。举个例子，如果我们想要这条通路中所有被列为Entrez基因的基因:

getXrefList(“WP554”、“L”)

或者，如果我们想把它们列为ensemble id，那么……

getXrefList(“WP554”、“En”)

而且，如果我们想要代谢产物、药物和其他与通路相关的小分子，那么我们只需提供化学数据库的系统代码，例如Ch (HMBD)、Ce (ChEBI)或Cs (Chemspider):

getXrefList('WP554'， 'Ch') getXrefList('WP554'， 'Ce')

就是这么简单!

4给我更多

我们还提供了作为数据文件和图像检索路径的方法。WikiPathways的原生文件格式是GPML，一种自定义XML规范。你可以通过…

gpml <- getpath ('WP554')

维基路径还提供每月数据发布，存档于http://data.wikipathways.org．存档包括GPML、GMT和SVG集合，按组织和时间戳划分。有一个R函数可以从存档中抓取文件…

downloadPathwayArchive ()

这将简单地在默认浏览器中打开存档，以便您可以四处查看(以防您不知道自己在寻找什么)。默认情况下，它会打开到最新的GPML文件集合。但是，如果您提供了一个组织，那么它将把该文件下载到您的当前工作目录或指定目录中destpath．例如，下面是如何获得鼠标的最新GMT文件:

downloadPathwayArchive(有机体="Mus musculus"， format="gmt")

如果您想指定一个存档日期，以便您可以在将来的任何时候轻松地共享和重新生成脚本，并获得相同的结果。请记住，每个月都会有新的路径添加到WikiPathways中，现有的路径会不断改进!

downloadPathwayArchive(date="20171010"， organism="Mus musculus"， format="gmt")

5结束

这是一个概述rWikiPathways包中。查看其他小插图和包功能的完整列表:

browseVignettes (rWikiPathways)帮助(包=“rWikiPathways”)