Wikipathways是生物途径的知名存储库，为研究社区提供了独特的工具，以创建内容，编辑和利用[@pico2008]。

r是一种强大的编程语言和环境，用于统计和探索性数据分析。

rwikipathways利用Wikipathways API在rWikipathways，允许以数据和图像格式查询，询问和下载任何途径。查询通常是根据基因，蛋白质和代谢物的“ XREF”，标准化标识符进行的。一旦可以识别出途径，就可以使用WPID（Wikipathways标识符）进行其他查询。

RCY3利用cyrest API提供与网络可视化和分析有关的许多功能。

1先决条件

除此之外rwikipathways包装，您还需要安装RCY3：

if（！“ rwikipathways”％installed.packages（））{if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，seem lem neet = true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install ::rwikipathways）if（！“ rcy3”％in％installed.packages（））{if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，'biocmanager'，seemly = true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager ::图书馆（RCY3）

RCY3的全部要点是与细胞尺度连接。您需要安装和启动Cytoscape：

Cytoscepeping（）

对于此小插图，您还需要Wikipathways应用程序才能从Cytoscape内部访问Wikipathways数据库。从http://apps.cytoscape.org/apps/wikipathways

如果您正在运行Cytoscape 3.7.0或更高版本，则可以简单地运行此命令：

installapp（'Wikipathways'）＃Cytoscape 3.7.0及以上仅提供

2一起工作

好的，随着所有这些组件加载和启动，您现在可以执行一些漂亮的序列。例如，搜索基于关键字搜索的途径，然后将其加载到Cytoscape中。

gbm.pathways <-FindPathwaysByText（'glioblastoma'）＃许多途径返回了Human.gbm.pathways <-gbm.pathways％>％dplyr :: filtrr :: filter（物种==“ homo sapiens”）＃只是人类GBM途径

我们有一个人类途径的清单，提到胶质母细胞瘤的结果包括很多信息，因此，让我们仅获得WPID的唯一列表。

human.gbm.wpids <-Human.gbm.pathways $ id

让我们将其中的第一个导入到Cytoscape中！

Commandsrun（paste0（'Wikipathways Import-As-as-pathway id ='，human.gbm.wpids [1]））））

进入Cytoscape后，您可以加载数据，应用视觉样式映射，执行分析以及导出图像和数据格式。有关详细信息，请参欧洲杯2021体育彩票见RCY3软件包Vignettes。

3从网络到路径

如果您已经与Cytoscape中的网络和数据在一起，则最终可能会专注于一个或几个特定的​​基因，蛋白质或代谢物，并希望查询Wikipathways。

例如，让我们从Cytoscape打开一个样本网络，并识别具有最多连接数量（即节点度）的基因。

注意：下一个块将覆盖您当前的会话。如果要保留任何东西，请保存。

opensession（）net.data < -  getTableColumns（columns = c（'name'，'deg'degry.layout'，'common'））max.gene <-net.data [whe.max（unlist（net.data）[net.data ['neg.layout']）），] max.gene

伟大的。看起来MCM1在此网络中具有很大的连接（18）。让我们使用它的标识符（YMR043W）来查询Wikipathways，以了解有关该基因及其生物学作用的更多信息，并将其加载到Cytoscape中。

专业提示：我们需要知道提供给定标识符的数据源。在这种情况下，这很棘手：Ensembl为该生物提供了这些酵母ORF标识符，而不是典型的格式。因此，我们将包括“ EN”系统代码。有关更多详细信息，请参见其他小插曲。

mcm1.Pathways <-Ynique（findPathwayidsbyxref（'ymr043w'，'en'））commandsrun（paste0（'wikipathways import-as-as-as-as-pathway id ='，mcm1.pathways [1]）））））））））））））））

而且，我们可以在新导入的途径中轻松地按名称选择MCM1节点，以帮助查看其确切扮演的角色。

selectnodes（'mcm1'，'name'）