# #——回声= TRUE, eval = FALSE --------------------------------------------------- # devtools:: install_github(“izhbannikov / rqt”,buildVignette = TRUE ) ## ---- 回声= TRUE,消息= FALSE ------------------------------------------------ 库(rqt)数据< - data.matrix (read.table(执行(“extdata / test.bin1.dat”、包=“rqt”),头= TRUE))把[1]基因族群< < -数据-数据(,2:昏暗的(数据)[2]]colnames(基因工程)< -粘贴(seq(1,昏暗的(基因工程)[2]))基因族群。obj <- summarizeexperimental (geno) obj <- rqt(phenotype=pheno, genotype=geno.obj) res <- geneTest(obj, method="pca"， out。type = " D " print (res) ) ## ---- 回声= TRUE,消息= FALSE ------------------------------------------------ 库(rqt)数据< - data.matrix (read.table(执行(“extdata / test.cont1.dat”、包=“rqt”),头= TRUE))把[1]基因族群< < -数据-数据(,2:昏暗的(数据)[2]]colnames(基因工程)< -粘贴(seq(1,昏暗的(基因工程)[2]))基因族群。obj <- summarizeexperimental (geno) obj <- rqt(phenotype=pheno, genotype=geno.obj) res <- geneTest(obj, method="pca"， out。type = " C " print (res) ) ## ---- 回声= TRUE,消息= FALSE ------------------------------------------------ 库(rqt)数据< - data.matrix (read.table(执行(“extdata / test.cont1.dat”、包=“rqt”),头= TRUE))把[1]基因族群< < -数据-数据(,2:昏暗的(数据)[2]]colnames(基因工程)< -粘贴(seq(1,昏暗的(基因工程)[2]))基因族群。obj <-总结实验(geno) obj <- rqt(表现型=pheno，基因型=geno.obj) res <- geneTest(obj, method="pls"， out。type = " C " print (res) ) ## ---- 回声= TRUE,消息= FALSE ------------------------------------------------ 库(rqt)数据< - data.matrix (read.table(执行(“extdata / test.bin1.dat”、包=“rqt”),头= TRUE))把[1]基因族群< < -数据-数据(,2:昏暗的(数据)[2]]colnames(基因工程)< -粘贴(seq(1,昏暗的(基因工程)[2]))基因族群。obj <- summarizeexperiment (geno) obj <- rqt(phenotype=pheno, genotype=geno.obj) #暂不支持，抱歉!#res <- geneTest(obj, method="pls"， out。类型=“D”,规模= TRUE)打印(res ) ## ---- 回声= TRUE,消息= FALSE ------------------------------------------------ 库(rqt)数据< - data.matrix (read.table(执行(“extdata / test.bin1.dat”、包=“rqt”),头= TRUE))把[1]基因族群< < -数据-数据(,2:昏暗的(数据)[2]]colnames(基因工程)< -粘贴(seq(1,昏暗的(基因工程)[2]))基因族群。obj <- summarizeexperiment (geno) covars <- read.table(system.file("extdata/test.cova1.dat"，package="rqt")， header=TRUE) obj <- rqt(phenotype=pheno, genotype=geno. dat)。obj, covariables = covars) res <- geneTest(obj, method="pca"， out。type = " D " print (res) ) ## ---- 回声= TRUE,消息= FALSE ------------------------------------------------ 库(rqt)数据< - data.matrix (read.table(执行(“extdata / test.cont1.dat”、包=“rqt”),头= TRUE))把[1]基因族群< < -数据-数据(,2:昏暗的(数据)[2]]colnames(基因工程)< -粘贴(seq(1,昏暗的(基因工程)[2]))基因族群。obj <- summarizeexperiment (geno) covars <- read.table(system.file("extdata/test.cova1.dat"，package="rqt")， header=TRUE) obj <- rqt(phenotype=pheno, genotype=geno. dat)。obj, covariables = covars) res <- geneTest(obj, method="pca"， out。type = " C " print (res) ) ## ---- 回声= TRUE,消息= FALSE ------------------------------------------------ 库(rqt) data1 < - data.matrix (read.table(执行(“extdata / phengen2.dat”、包=“rqt”),跳过= 1))把< - data1[1]基因族群< - data1(, 2:暗(data1) [2]] colnames(基因工程)< -粘贴(seq(1,昏暗的(基因工程)[2]))基因族群。obj <- summarize实验(geno) obj1 <- rqt(phenotype=pheno, genotype=geno.obj) data2 <- data.matrix(read.table(system.file("extdata/phengen3.dat"， package="rqt")， skip=1)) pheno <- data2[，1] geno <- data2[， 2:dim(data2)[2]] colnames(geno) <- paste(seq(1, dim(geno)[2])) geno。obj <- summarize实验(geno) obj2 <- rqt(phenotype=pheno, genotype=geno.obj) data3 <- data.matrix(read.table(system.file("extdata/phengen.dat"， package="rqt")， skip=1)) pheno <- data3[，1] geno <- data3[， 2:dim(data3)[2]] colnames(geno) <- paste(seq(1, dim(geno)[2])) geno。obj < - SummarizedExperiment(基因工程)obj3 < - rqt(表型=把基因型= geno.obj) res.meta < - geneTestMeta(列表(其中obj1, methoda obj3))打印(res.meta ) ## ---- 回声= TRUE --------------------------------------------------------------- sessionInfo ()