# # - - - - -选项,包括= FALSE,回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(BiocStyle) knitr:: opts_chunk设置美元(= FALSE警告、错误= FALSE消息= FALSE) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -如果(# !要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(“scDDboost”) # #——回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(ggplot2) df < - data.frame(集团=。因子(代表(c (“subtype1”、“subtype2”,“subtype3”), 2)),比例= c(1/3, 1/3, 1/3, 1/6, 1/2、1/3),标签= as.factor(代表(c (“condition1”、“condition2”),每个= 3)))英国石油(bp) < - ggplot (df, aes (x =比例,y = " ",填补=集团))+ geom_bar(宽度= 2,统计=“身份”)+ facet_grid(关口= var(标签))派< - bp + coord_polar (“x”,开始= 0)+ xlab(“子类型比例”)+ ylab(" ")饼+主题(面板。背景= element_rect(填补=‘白’,颜色= '黑色'),panel.grid.minor。x = element_line(大小= 0.5),panel.grid.minor。y = element_line(大小= 0.5),panel.grid.major。x = element_line(大小= 0.5),panel.grid.major。y = element_line(大小= 0.5),panel.grid。主要= element_line(颜色=“灰色”))# #——回声= F - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - x1 < - rnorm (33 10 2) x2 < - rnorm (33 10 2) x3 < - rnorm(33岁,20岁,2)x4 < - rnorm(2) 17日,10日x5 < - rnorm (50 10 2) x6 < - rnorm(33岁,20岁,2)df < - data.frame (= c组(代表(c (“subtype1”、“subtype2”,“subtype3”),每个= 33),c(代表(“subtype1”, 17),代表(“subtype2”, 50),代表(“subtype3”, 33))),条件=因子(c(代表(99),代表(2100))),值= c (x1, x2, x3, x4, x5, x6)) p < - ggplot (df, aes (x =条件,y =值)+ geom_violin () + geom_jitter (aes(颜色=集团))+ xlab(“条件”)+ ylab(“基因表达”)p +主题(面板。背景= element_rect(填补=‘白’,颜色= '黑色'),panel.grid.minor。x = element_line(大小= 0.5),panel.grid.minor。y = element_line(大小= 0.5),panel.grid.major。x = element_line(大小= 0.5),panel.grid.major。y = element_line(大小= 0.5),panel.grid。主要= element_line(颜色=“灰色”))# #——回声= F - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - x1 < - rnorm (33 10 2) x2 < - rnorm(33岁,20岁,2)x3 < - rnorm(33岁,30岁,2)x4 < - rnorm(2) 17日,10日x5 < - rnorm (50、20、2) x6 < - rnorm(33岁,30岁,2)df < - data.frame (= c组(代表(c (“subtype1”、“subtype2”,“subtype3”),每个= 33),c(代表(“subtype1”, 17),代表(“subtype2”, 50),代表(“subtype3”, 33))),条件=因子(c(代表(99),代表(2100))),值= c (x1, x2, x3, x4, x5, x6)) p < - ggplot (df, aes (x =条件,y =值)+ geom_violin () + geom_jitter (aes(颜色=集团))+ xlab(“条件”)+ ylab(“基因表达”)p +主题(面板。背景= element_rect(填补=‘白’,颜色= '黑色'),panel.grid.minor。x = element_line(大小= 0.5),panel.grid.minor。y = element_line(大小= 0.5),panel.grid.major。x = element_line(大小= 0.5),panel.grid.major。y = element_line(大小= 0.5),panel.grid。主要= element_line(颜色=“灰色”))# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - suppressMessages(库(scDDboost)) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -数据(sim_dat) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - data_counts < - SummarizedExperiment::化验(sim_dat)美元计数条件< - SummarizedExperiment:: colData (sim_dat)条件rownames美元(data_counts) < - seq_len(1000) # #我们使用2核来计算距离矩阵bp < - BiocParallel:: MulticoreParam (2) D_c < -包(data_counts, bp) ProbDD < - pdd (data = data_counts cd =条件,英国石油(bp) = bp, D = D_c) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # #的数量确定亚型K < - detK (D_c) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - EDD <——(ProbDD > 0.95) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - EDD <开发区(ProbDD, 0.05) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()