情节{siggenes} R文档

SAM特定绘图法

描述

绘制类SAM的对象。生成SAM图或Delta图

使用

plot(x, y, pos.stats = NULL, sig.col = 3, xlim = NULL, ylim = NULL, main = NULL, xlab = NULL, ylab = NULL， - pty = "s"， lab = c(10,10,7)， pch = NULL, sig.cex = 1，热线= FALSE，…)

参数

x 类SAM的对象
y 增量值(s)，即数值或向量。如果y是一个数值，将为这个增量值生成SAM Plot。如果为NULL或一个向量，则Delta绘图，即由创建的表的可视化总结或打印，则生成
pos.stats 0到2之间的整数。如果pos.stats = 1，一般信息为显著基因的数量和估计的FDR为指定值y将被绘制在图的左上角。如果pos.stats = 2，这些信息将被绘制在右下角。如果pos.stats = 0，不绘制任何信息。默认情况下,pos.stats = 1如果表达式得分d可以是正的，也可以是负的，和pos.stats = 2如果d只能取正值。将被忽略y是NULL还是vector
sig.col 对重要基因颜色的说明。如果sig.col长度为1，所有重要基因对应的点都用指定的颜色标记sig.col．如果长度(sig.col) = = 2为下调基因，即表达得分为负的基因d，以指定的颜色标记sig.col[1]和上调基因，即阳性基因d，以指定的颜色标记sig.col[2]。有关如何指定颜色的说明，请参见?不相上下．将被忽略，如果y是NULL还是vector
xlim 长度为2的数字向量，指定绘图的x极限(最小值和最大值)。仅用于以下情况y是数值，即SAM图生成时
ylim 一个长度为2的数值向量，表示图形的y极限。仅用于以下情况y是数值
主要 命名情节主标题的字符串。忽略了如果y是NULL还是vector
xlab 命名x轴标签的字符串。忽略了如果y是NULL还是vector
ylab 命名y轴标签的字符串。忽略了如果y是NULL还是vector
企业 指定要使用的绘图区域类型的字符。“s”(默认)生成一个正方形绘图区域，和“m”最大作图区域。忽略了如果y是NULL还是vector
实验室 长度为3的数字向量，指定x轴和y轴上的标记的大致数量以及标签大小。忽略了如果y是NULL还是vector
pch 指定符号的整数或作为绘制点的默认值的单个字符。的描述pch可以指定，看到了吗?不相上下．忽略了如果y是NULL还是vector
sig.cex 一个数值，给出重要基因的符号相对于默认值的比例。忽略了如果y是NULL还是vector
帮助热线, 逻辑地指定是否应该在Delta图中绘制帮助线。忽略了如果y是数值
.．. SAM图的进一步图形参数。看到plot.default ?而且?不相上下．忽略了如果y是NULL还是vector

价值

SAM曲线或Delta曲线

请注意

SAM是由Tusher等人(2001)开发的。

! !斯坦福大学正在申请SAM技术的专利。！！!

作者(年代)

Holger Schwender,holger.schw@gmx.de

参考文献

Tusher, v.g.， Tibshirani, R.和Chu, G.(2001)。微阵列在电离辐射响应中的显著性分析。PNAS， 98, 5116-5121。

另请参阅

sam.plot2，delta.plot，山姆，SAM-class

例子

##不运行:#加载multtest包和Golub et al.(1999) #包含在multtest中的数据。假设存在不相等的方差，对两个类未配对的情况执行SAM分析。SAM .out<-sam(golub,golub.cl,B=100,rand=123) #为Delta = 2生成一个SAM图SAM .plot2(SAM .out,2) #另一种生成相同SAM图的方法plot(SAM .out,2) #为SAM计算的默认Delta集生成Delta图。delta.plot(sam.out) #另一种生成相同图形的方法。plot(sam.out) #生成Delta = 0.2, 0.4，…， 2.plot(sam.out,seq(0.2,2,0.2)) ##结束(未运行)