singleCellTK 2.9.0
SCTK (Single Cell Toolkit)是一个交互式scRNA-Seq分析包，允许用户上传原始scRNA-Seq计数矩阵，并通过web界面或命令行通过一组R函数交互式地执行下游scRNA-Seq分析。包是用R编写的，图形用户界面(GUI)是用Shiny编写的。用户可以使用进行质量控制、聚类、批量校正、差分表达式、路径丰富和样本量计算器的模块进行分析，所有这些都在一个简单易用的点击界面中使用。该工具包还支持命令行数据处理，可以将结果加载到GUI中，以便进行进一步的研究和下游分析。
由于SCTK中有很多可用的特性，我们准备了几个小插图来帮助您入门，它们都可以在https://www.camplab.net/sctk/
## R正在开发中(不稳定)(2022-10-25 r83175) ##平台:x86_64-pc-linux-gnu(64位)##运行在Ubuntu 22.04.1 LTS ## ##矩阵产品:默认## BLAS: /home/biocbuild/bbs-3.17-bioc/R/lib/libRblas。so ## LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/ LAPACK /liblapack.so.3.10.0 ## ## locale: ## [1] LC_CTYPE=en_US。UTF-8 LC_NUMERIC= c# # [3] LC_TIME=en_GB LC_COLLATE= c# # [5] LC_MONETARY=en_US。utf - 8 LC_MESSAGES = en_US。UTF-8 ## [7] LC_PAPER=en_US。UTF-8 LC_NAME= c# # [9] LC_ADDRESS=C lc_phone = c# # [11] LC_MEASUREMENT=en_US。UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C ## ##附加的基本包:## [1]stats graphics grDevices utils datasets methods基础## ##其他附加包:## [1]BiocStyle_2.27.0 ## ##通过命名空间加载(且未附加):## [4] fastmap_1.1.0 xfun_0.34 magrittr_2.0.3 ## [7] cachem_1.0.6 string_1 .4.1 knitr_1.40 ## [13] sass_0.4.2 jquerylib_0.1.4 compiler_4.3.0 ## [16] tools_4.3.0 evaluate_0.17 bslib_0.4.0 ## [19] yaml_2.3.6 BiocManager_1.30.19 jsonlite_1.8.3 ## [22] rlang_1.0.6 stringi_1.7.8