### R代码来自Vignette Source'Data-Input-Vignette.rnw'############################################################### ###代码块数字1：lib ######################################################################################################################“ extdata/sample.ped.gz”，package =“ snpstats”）pedfile infofile <-system.file（“ extdata/sample.info”，package =“ snpstats”）##########################################＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ 样本< - read.pedfile（pedfile，snps = infofile）##############################################################################＃代码块编号5：示例2 ########################################################################################：示例3 ###########################头（样本$地图）########################################################### ###代码块数字7：plink ###########################################################/sample.bim", package="snpStats") bed <- system.file("extdata/sample.bed", package="snpStats") sample <- read.plink(bed, bim, fam) ################################################### ### code chunk number 8: plinkout ################################################### sample$genotypes col.summary(sample$genotypes)$MAF head(sample$fam) head(sample$map) ################################################### ### code chunk number 9: plinkselect ################################################### subset <- read.plink(bed, bim, fam, select.snps=6:10) subset$genotypes col.summary(subset$genotypes)$MAF subset$map ################################################### ### code chunk number 10: longfile ################################################### longfile <- system.file("extdata/sample-long.gz", package="snpStats") longfile ################################################### ### code chunk number 11: longlist ################################################### cat(readLines(longfile, 5), sep="\n") ################################################### ### code chunk number 12: readlong ################################################### gdata <- read.long(longfile, fields=c(snp=1, sample=2, genotype=3, confidence=4), gcodes=c("1", "2", "3"), threshold=0.95) gdata summary(gdata) ################################################### ### code chunk number 13: readlongallele ################################################### allelesfile <- system.file("extdata/sample-long-alleles.gz", package="snpStats") cat(readLines(allelesfile, 5), sep="\n") gdata <- read.long(allelesfile, fields=c(snp=1, sample=2, allele.A=3, allele.B=4, confidence=5), threshold=0.95) gdata gdata$genotypes gdata$alleles