### R代码来自小插图来源的unifiedWMWqPCR。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:unifiedWMWqPCR。Rnw: 140 - 145 ################################################### 库(unifiedWMWqPCR)数据(NBmat)暗(NBmat)表(NBgroups)马克斯(NBmat ) ################################################### ### 代码块2号:unifiedWMWqPCR。Rnw: 157 - 158 ################################################### uWMW。<——uWMW (NBmat、组= NBgroups ) ################################################### ### 代码块3号:unifiedWMWqPCR。Rnw: 160 - 161 ################################################### uWMW。出 ################################################### ### 代码块数量4:unifiedWMWqPCR。Rnw: 165 - 170 ################################################### uWMW。出[1:3]uWMW。出[1:3]names.tmp < - rownames (NBmat) [1:3] names.tmp uWMW.out [names.tmp ] ################################################### ### 代码块5号:unifiedWMWqPCR。Rnw: 174 - 175 ################################################### uWMW。出 ################################################### ### 代码块6号:unifiedWMWqPCR。Rnw: 181 - 185 ################################################### 选择。microrna的< - c(“hsa-mir-17-3p”、“hsa-mir-17-5p”,“hsa-mir-18a”、“hsa-mir-18a #”、“hsa-mir-19a”、“hsa-mir-19b”、“hsa-mir-20a”、“hsa - mir - 92”,“hsa - mir - 181 a”、“hsa - mir - 181 b”)uWMW.out[选择。microrna的 ] ################################################### ### 代码块7号:unifiedWMWqPCR。Rnw: 188 - 191 ################################################### adj.pvalues < - p.adjust (uWMW.out@p.value、方法=“黑洞”)的选择。Id <- match(选择。miRNA, names(uWMW.out)) adj.pvalues[选择。id] ################################################### ### code chunk number 8: unifiedWMWqPCR.Rnw:195-197 ################################################### uWMW.out["hsa-mir-92"] adj.pvalues[match("hsa-mir-92", names(uWMW.out))] ################################################### ### code chunk number 9: unifiedWMWqPCR.Rnw:206-208 ################################################### housekeeping.miRNA <- rownames(NBmat)[1:2] housekeeping.miRNA ################################################### ### code chunk number 10: unifiedWMWqPCR.Rnw:211-213 ################################################### uWMW.out2 <- uWMW(NBmat, groups = NBgroups, housekeeping.names = housekeeping.miRNA) ################################################### ### code chunk number 11: unifiedWMWqPCR.Rnw:215-216 ################################################### uWMW.out2 ################################################### ### code chunk number 12: volcano ################################################### volcanoplot(uWMW.out, add.ref = c("both"), ref.x = c(-log(2),log(2)), ref.y = -log10(0.001)) ################################################### ### code chunk number 13: volcano ################################################### volcanoplot(uWMW.out, add.ref = c("both"), ref.x = c(-log(2),log(2)), ref.y = -log10(0.001)) ################################################### ### code chunk number 14: forest ################################################### x.label <- expression("estimated "*P(Y[MNA] < Y[MNSC])) forestplot(uWMW.out, estimate = "p", order = selection.id, xlab = x.label) ################################################### ### code chunk number 15: forest ################################################### x.label <- expression("estimated "*P(Y[MNA] < Y[MNSC])) forestplot(uWMW.out, estimate = "p", order = selection.id, xlab = x.label) ################################################### ### code chunk number 16: unifiedWMWqPCR.Rnw:271-273 ################################################### coef(uWMW.out)[1:3] vcov(uWMW.out)[1:3,1:3]