Zellkonverter 1.7.3
该软件包提供了生物导体之间的轻量级接口Singlecellexperiment数据结构和Python安达塔基于基于单细胞分析环境。这个想法是使用户和开发人员能够轻松地在这些框架之间移动数据，以在2021欧洲杯体育投注开户R/Bioconductor和Python上构建多语言分析管道。
这readh5ad（）功能可用于阅读Singlecellexperiment从H5AD文件。可以按照通常的方式来操纵这Singlecellexperiment文档。
库（Zellkonverter）＃获取示例H5AD文件。example_h5ad <-system.file（“ extdata”，“ krumsiek11.h5ad”，package =“ zellkonverter”）readh5ad（example_h5ad）##类：SingleCellexperiment ## DIM：11 640 ## Metadata（2）：突出显示IROOT ## ASSAYS（1）：X ## ROWNAMES（11）：GATA2 gata2 gata1 ... egrnab gfi1 ## rowdata names（0）：## colnames（640）：0 1 ... 158-3 159-3 ## coldata名称（1）：cell_type ## reduseddimnames（0）：## mainexpname：null ## altexpnames（0）：我们也可以写一个Singlecellexperiment到H5AD文件writeh5ad（）功能。下面在经典的Zeisel Mouse Brain数据集上证明了这一点scrnaseq包裹。然后，结果文件可以直接用于基于Python的分析框架中。
库（scrnaseq）sce_zeisel <-zeiselbraindata（）out_path <-tempfile（pattern =“ .h5ad”）writeh5ad（sce_zeisel，file = out_path）Singlecellexperiment和安达塔对象2021欧洲杯体育投注开户控制其Python环境的开发人员和电力用户可以直接转换Singlecellexperiment和安达塔对象使用sce2anndata（）和anndata2sce（）公用事业。这些功能期望网状已经与适当的版本一起加载了安达塔包裹。我们建议使用蛇怪包装在使用这些功能之前设置Python环境。
库（Basilisk）库（SCRNASEQ）seger <-segerstolpepancreasdata（）roughtrip <-basiliskrun（fun = function（sce）{＃转换为sce to anndata：adata <-sce2anndata（sce）：＃等等等等＃转换回SCE：anndata2sce（adata）}，env = zellkonverteranndataenv（），sce = seger）包装开发人员可以2021欧洲杯体育投注开户保证他们使用的是相同版本的python套件Zellkonverter通过使用anndatadadadepencies（）功能以设置其Python环境。
anndatadadadepencies（）## [1]“ anndata == 0.8.0”“ h5py == 3.6.0”“ hdf5 == 1.12.1”“ natsort == 8.1.0” ## [5] [5]“ numpy == 1.22.3”“包装== 21.3”“ pandas == 1.4.2”“ python == 3.8.13” ## [9]“ scipy == 1.7.3”“ sqlite == 3.38.2”此功能也可以用于使用较旧版本的环境返回依赖项安达塔。
AnnDatadAdependencies（版本=“ 0.7.6”）## [1]“ anndata == 0.7.6”“ h5py == 3.2.1”“ hdf5 == 1.10.6”“ natsort == 7.1.1” ## [5] [5]“ numpy == 1.20.2”“包装== 20.9”“ pandas == 1.2.4”“ scipy == 1.6.3” ## [9]“ sqlite == 3.35.5”默认情况下Zellkonverter不要显示有关其进度的任何信息，但可以通过设置冗长= true争论。
readh5ad（example_h5ad，verbose = true）##类：SingleCellexperiment ## DIM：11 640 ## Metadata（2）：突出显示IROOT ## ASSAYS（1）：X ## ROWNAMES（11）：GATA2 gata2 gata1 ... egrnab gfi1 ## rowdata names（0）：## colnames（640）：0 1 ... 158-3 159-3 ## coldata名称（1）：cell_type ## reduseddimnames（0）：## mainexpname：null ## altexpnames（0）：如果您想查看所有功能的进度消息，则可以使用setzellkonverterverbose（）功能。
＃这不是在这里运行的SessionInfo（）## R版本4.2.0修补（2022-06-02 R82447）##平台：x86_64-pc-linux-gnu（64位）＃## blas：/home/biocbuild/bbs-3.16-bioc/r/lib/libblas.so ## lapack：/home/biocbuild/bbs-3.16-bioc/r/lib/lib/librlapack.so ### ## ## locale：## [1] lc_ctype = en_us.utf-8 lc_numeric = c ## [3] lc_time = en_gb lc_collate = c ## [5] lc_us.us.utf-8 lc_messages = en_us.utf-8 ## [7]lc_paper = en_us.utf-8 lc_name = c ## [9] lc_address = c lc_telephone = c ## [11] lc_measurement = en_us.utf-8 lc_istientification = c ## ## ## ## ##附件：Stats图形GRDEVICES UTILS数据集方法## [8]基础## ##其他附件：## [1] Basilisk_1.9.1.1.1.1.1.1GenomicRanges_1.49.0 ## [7] GenomeInfoDb_1.33.3 IRanges_2.31.0 ## [9] S4Vectors_0.35.1 BiocGenerics_0.43.0 ## [11] MatrixGenerics_1.9.0 matrixStats_0.62.0 ## [13] zellkonverter_1.7.3 knitr_1.39 #＃[15] BiocStyle_2.25.0 ## ## ##通过名称空间加载（并且未连接）：## [1] Protgenerics_1.29.0 BITOPS_1.0-7 ## [3] BIT64_4.0.5FILELOCK_1.0.2 HTTR_1.4.3 ## [7] RPROJROOT_2.0.3 TOALS_4.2.0 ## [9] BSLIB_0.3.1 UTF8_1.2.2 ## [11] R6_2.5.5## [15] tidySelect_1.1.2 bit_4.0.4 ## [17] curl_4.3.2 compiler_4.2.0 ## [19] cli_3.3.3] rtracklayer_1.57.0 bookdown_0.0.27 ## [25] sass_0.4.1 rappdirs_0.3.3 ## [27] rsamtools_2.13.3 stringr_1.4.4.0 ## [29] digest_0.6.6.6.6.6.6.6.6.6.29 rmarkdown_2.14 ## _2 [31] xvector_0.0.0.0.37 pkcon。0.3 ## [33] htmltools_0.5.2.2 ensembldb_2.21.2 ## [35] dbplyr_2.2.0 fastmap_1.1.1.1.0 ## [37] rlang_1.0.2 rlang_1.0.2 rsqlite_2.1.2.14 ## [39]jquerylib_0.1.4 generics_0.1.2 ## [43]1 rcpp_1.0.8.3 ## [51] fansi_1.0.3 reticulate_1.25 ## [53] lifecycle_1.0.1 stringi_1.7.6 ## [55] yaml_2.3.5 zlibbioc_1.43.0 ## [57] BiocFileCache_2.5.0 AnnotationHub_3.5.0 ## [59] grid_4.2.0 blob_1.2.3 ## [61] parallel_4.2.0 promises_1.2.0.1 ## [63] ExperimentHub_2.5.0 crayon_1.5.1 ## [65] dir.expiry_1.5.0 lattice_0.20-45 ## [67] Biostrings_2.65.1 GenomicFeatures_1.49.5 ## [69] hms_1.1.1 KEGGREST_1.37.2 ## [71] pillar_1.7.0 rjson_0.2.21 ## [73] codetools_0.2-18 biomaRt_2.53.2 ## [75] XML_3.99-0.10 glue_1.6.2 ## [77] BiocVersion_3.16.0 evaluate_0.15 ## [79] BiocManager_1.30.18 png_0.1-7 ## [81] vctrs_0.4.1 httpuv_1.6.5 ## [83] purrr_0.3.4 assertthat_0.2.1 ## [85] cachem_1.0.6 xfun_0.31 ## [87] mime_0.12 xtable_1.8-4 ## [89] AnnotationFilter_1.21.0 restfulr_0.0.15 ## [91] later_1.3.0 tibble_3.1.7 ## [93] GenomicAlignments_1.33.0 AnnotationDbi_1.59.1 ## [95] memoise_2.0.1 ellipsis_0.3.2 ## [97] interactiveDisplayBase_1.35.0 here_1.0.1