RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14

DOI:10.18129 / B9.bioc.RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14

这是发展RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14版本;稳定发布版本请参见RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14。

来自RNAseq实验的对齐reads:通过HNRNPC敲低和控制HeLa细胞的高通量测序进行转录分析

Bioconductor版本:开发(3.16)

该包包含8个BAM文件，每个测序运行1个。每个BAM文件通过(1)使用TopHat2将读取(配对端)与hg19全基因组比对，然后(2)亚子集以仅保留chr14上的比对获得。有关实验的详细信息，请参阅ArrayExpress数据库的登录号E-MTAB-1147，包括已发表研究(由Zarnack等人，2012)和FASTQ文件的链接。

作者:hervevev pag

维护者:hervevev pag

安装

要安装这个包，启动R(版本"4.2")并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化biocdevel的使用BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install(" rnaseqdata . hnrnpc . bamm .chr14")

对于旧版本的R，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	ArrayExpress，ExperimentData，地理，基因组，Homo_sapiens_Data，NCI，RNASeqData，SequencingData
版本	0.35.0
许可证	LGPL
取决于
进口
链接
建议	GenomicAlignments，BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/experiments/E-MTAB-1147/
这取决于我	测序
进口我
建议我	BiocParallel，GenomicAlignments，GenomicFiles，GenomicRanges，咆哮，Rsamtools，SplicingGraphs
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在您的R会话中使用此包的说明。

源包	RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14_0.35.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14
源存储库(开发人员访问)	git clone git@git.bioconductor.org:packages/RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14/
软件包下载报告	下载数据