SingleCellMultiModal

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingleCellMultiModal

这是发展SingleCellMultiModal版本;稳定发布版本请参见SingleCellMultiModal．

整合多模态单细胞实验数据集

Bioconductor版本:开发(3.16)

SingleCellMultiModal是一个ExperimentHub包，它服务于从GEO和其他来源获得的多个数据集，并将它们表示为MultiAssayExperiment对象。我们提供多个多模态数据集，包括scNMT、10X Multiome、seqFISH、CITEseq、SCoPE2等。该包的范围是为基准测试和分析提供数据。

作者:马塞尔·拉莫斯[aut, cre]，里卡德·阿格拉盖[aut]，达里奥·里加里利[aut]，凯利·埃肯罗德[aut]，列维·沃尔德隆[aut]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。拉莫斯在roswellpark.org >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager"， quiet = TRUE)) #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("SingleCellMultiModal")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“SingleCellMultiModal”)

超文本标记语言	R脚本	CITEseq脐带血
超文本标记语言	R脚本	ECCITEseq外周血
超文本标记语言	R脚本	GT-seq小鼠胚胎
超文本标记语言	R脚本	scMultiome 10 x PBMC
超文本标记语言	R脚本	scNMT鼠标原肠胚形成
超文本标记语言	R脚本	SCoPE2:巨噬细胞vs单核细胞
超文本标记语言	R脚本	seqFISH小鼠视觉皮层
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData，ExperimentHub，地理，ReproducibleResearch，SingleCellData
版本	1.9.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 4.1.0),MultiAssayExperiment
进口	AnnotationHub，BiocFileCache，BiocGenerics，ExperimentHub，HDF5Array，S4Vectors，SingleCellExperiment，SpatialExperiment，SummarizedExperiment，矩阵、方法、跑龙套
链接
建议	BiocStyle，ggplot2，knitr，RaggedExperiment，rmarkdown，嘘，食物，UpSetR，uwot
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/SingleCellMultiModal/issues
取决于我
进口我
建议我	MuData
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	SingleCellMultiModal_1.9.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingleCellMultiModal
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ SingleCellMultiModal
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SingleCellMultiModal/
包下载报告	下载数据