curatedTCGAData

DOI:10.18129 / B9.bioc.curatedTCGAData

这是发展curatedTCGAData版本;稳定发布版本请参见curatedTCGAData．

来自癌症基因组图谱(TCGA)的策划数据作为多分析实验对象

Bioconductor版本:开发(3.16)

这个包提供了来自癌症基因组图谱(TCGA)的公开可用数据作为MultiAssayExperiment对象。MultiAssayExperiment将多种检测(如RNA-seq、拷贝数、突变、microRNA、蛋白质等)与临床/病理数据相结合。它还将分析条形码与患者标识符连接起来，实现了整个多组学实验中行(特征)和列(患者/样本)的协调子集。

作者:马塞尔·拉莫斯[aut, cre]， Levi Waldron [ctb]， Lucas Schiffer [ctb]， Ludwig Geistlinger [ctb]， Valerie Obenchain [ctb]， Martin Morgan [ctb]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。拉莫斯在roswellpark.org >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("curatedTCGAData")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“curatedTCGAData”)

超文本标记语言	R脚本	curatedTCGAData
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CancerData，ExperimentData，ExperimentHub，Homo_sapiens_Data，ReproducibleResearch
版本	1.19.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),MultiAssayExperiment
进口	AnnotationHub，ExperimentHub，HDF5Array、方法、S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，knitr，RaggedExperiment，readr，rmarkdown，TCGAutils，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/curatedTCGAData/issues
取决于我
进口我	意大利苦杏酒，BiocOncoTK
建议我	CNVRanger，dce，德科，glmSparseNet，netDx，TCGAutils
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	curatedTCGAData_1.19.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/curatedTCGAData
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ curatedTCGAData
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/curatedTCGAData/
包下载报告	下载数据