spatialLIBD

DOI:10.18129 / B9.bioc.spatialLIBD

这是发展spatialLIBD的版本;稳定版请参见spatialLIBD．

spatialLIBD:一个R/Bioconductor包，用于可视化空间分辨率的转录组数据

Bioconductor版本:开发(3.16)

交互式检查来自10x Genomics Visium平台的空间分辨率转录组学数据，以及来自Maynard, Collado-Torres等人，自然神经科学，2021年项目的数据，由利伯尔大脑发育研究所(LIBD)的研究人员和合作者分析。

作者:Leonardo Collado-Torres [aut, cre]，克里斯汀·r·梅纳德[ctb]，安德鲁·e·杰夫[ctb]，布伦达·帕尔多[ctb]，艾比·斯潘格勒[ctb]， Jesús Vélez圣地亚哥[ctb]，卢克斯·m·韦伯[ctb]

维护者:Leonardo Collado-Torres

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("spatialLIBD")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“spatialLIBD”)

超文本标记语言	R脚本	spatialLIBD简介
超文本标记语言	R脚本	使用spatialLIBD与10x Genomics公共数据集
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ExperimentData,ExperimentHub,ExpressionData,Homo_sapiens_Data,PackageTypeData,SequencingData,SingleCellData,SpatialData,组织
版本	1.9.3
许可证	艺术- 2.0
取决于	SpatialExperiment(>= 1.3.3)， r (>= 3.6)
进口	闪亮的,傀儡,ggplot2,cowplot,情节,viridisLite,shinyWidgets,sessioninfo，网格，grDevices，方法，AnnotationHub跑龙套,png,嘘,DT,ExperimentHub,RColorBrewer,SummarizedExperiment，统计，图形，S4Vectors,IRanges,字段,benchmarkme,SingleCellExperiment,BiocFileCache,jsonlite,宠物猫,rtracklayer,矩阵,BiocGenerics,GenomicRanges,魔法,调色板
链接
建议	knitr,RefManageR,rmarkdown,BiocStyle,testthat(> =魅惑,covr,在这里,BiocManager,lobstr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/LieberInstitute/spatialLIBD
BugReports	https://support.bioconductor.org/t/spatialLIBD
全靠我
进口我
建议我	BayesSpace
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	spatialLIBD_1.9.3.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spatialLIBD
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/spatialLIBD
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/spatialLIBD/
软件包下载报告	下载数据