版本1.6.0新特性——scMultiome版本1.0.1的变化提供了10 x RNAseq数据格式。Bug修复和小改进,更新seqFISH装饰图案和文档。——更新变化SummarizedExperiment assayDimnames在哪里检查。——scNMT默认版本1.0.0的QC过滤后的细胞。未经过滤的细胞部分看到版本? scNMT。版本1.4.0新特性的变化——SingleCellMultiModal函数允许多种综合技术的结合。GTseq数据从麦考利et al。(2015)可以(@lgeistlinger)——从Specht SCoPE2数据等人现在可用由于@cvanderaa (# 26) - scMultiome提供PBMC从10 x基因由于@rargelaguet Bug修复和次要改进——元数据信息(包括函数调用和调用技术地图)SingleCellMultiModal - scNMT包括原始调用MultiAssayExperiment元数据——改进和特约编辑指南明确——seqFISH使用spatialData论点与DataFrame输入基于改变SpatialExperiment (@drighelli) -删除额外的列在sampleMap CITEseq (@drighelli) 1.2.0版本新特性的变化- CITEseq功能、装饰图案,和“cord_blood”数据(@drighelli # 18)——包括seqFISH功能,装饰图案和“mouse_visual_cortex”数据(从@drighelli v1和v2, # 14)——新的“mouse_gastrulation”公布的数据集(“2.0.0版本)。——使用版本参数表明mouse_gastrulation数据——数据包括所有细胞不仅通过了质检的所有三个的组学(谢谢@rargelaguet, @ajabadi)。Bug修复和次要改进——缓存机制使用工具::R_user_dir而不是rappdirs。——改善显示可用的数据使用ExperimentHub元数据。 - Improved documentation explaining versioning differences. - Contribution guidelines available at https://github.com/waldronlab/SingleCellMultiModal/wiki/Contributing-Guidelines - Default version argument in scNMT function now set to "2.0.0" (version "1.0.0" still available) Changes in version 1.0.0 New features - scNMT serves the mouse gastrulation dataset from Argelaguet et al. 2019 - Data set is provided by Argelaguet and colleagues via CloudStor link: https://cloudstor.aarnet.edu.au/plus/s/Xzf5vCgAEUVgbfQ - GitHub repository for the dataset by the authors available at: https://github.com/rargelaguet/scnmt_gastrulation Bug fixes and minor improvements - Row names in the scNMT dataset properly show mouse ENSEMBL identifiers