### R代码来自vignette源代码的maqcNotes。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:lkdat ################################################### 图书馆(MAQCsubset)数据(afxsubRMAES) afxsubRMAES pd = pData (afxsubRMAES)表(pd)美元网站,pd桑普美元 ) ################################################### ### 代码块2号:dopro ################################################### # setClass(“proboStruct”,表示(称为=“调用”),#包含=“列表”)# setMethod(“秀”,“proboStruct”,函数(对象){#猫(“proboStruct实例由:\ n”)#打印(object@call) #}) # setMethod(“阴谋”、“proboStruct”功能(x, y, xlim = c(3、3),#坳= "黑色 ", ...) { # 情节(x [[1]] [x $ leftinds], x [[2]] [x leftinds美元],xlab =名字(x) [1], # ylab (x)[2] =名称,类型=“l”=上校,上校xlim = xlim…)#线(x [[1]] [- x leftinds美元],x [[2]] [- x $ leftinds],坳=坳 , ...) #}) 长鼻= function (es,网站= 1,ABp = 0.001, CDp =。01, mmrad = 100){要求(genefilter) mcall = match.call() #假定样本标记,B, C, D在MAQC毫米= function (x, rad){#移动意味着开始=上限(rad / 2)停止=地板(长度(x) - (rad / 2)酸式焦磷酸钠(启动,停止,函数(i)的意思是(x [(i-floor (rad / 2)): (i +地板(rad / 2)))))} ess = es [es网站= =网站美元]essab = ess [, ess桑普美元% % C(“A”、“B”)]essab $桑普=因素(essab桑普美元)esscd = ess [, ess桑普美元% % C(“C”、“D”)]esscd $桑普=因素(esscd桑普美元)tt = rowttests (exprs (essab),essab$samp) L= which(tt$p < ABp & tt$dm <0) R= which(tt$p < ABp & tt$dm >0) ttcd= rowttests(exprs(esscd)， esscd$samp) ABL= tt$dm[L] CDL =ttcd $dm[L] ABR= tt$dm[R] CDR =ttcd $dm[R] NN = list(ttab=tt,ttcd=ttcd,ABL=sort(ABL)，cdokL=1*(CDL<0)[order(ABL)]， ABR=sort(ABR)，dcokR=1*(CDR>0)[order(ABR)])‘a - b = c (ONR <毫米(NN ABL美元,mmrad)毫米(NN $ ABR mmrad))“P (SCMT | a - b) ' = c(毫米(NN cdokL美元,mmrad)毫米(NN dcokR美元,mmrad))新(“proboStruct”,叫= mcall列表(“a - b”=“a - b”,“P (SCMT | a - b)”=“P (SCMT | a - b)”,leftinds = 1:长度(ONR)))} NN1 =长鼻(afxsubRMAES) NN2 =长鼻(afxsubRMAES网站= 2)NN3喙(afxsubRMAES网站= 3 = ) ################################################### ### 代码块3号:dopl ################################################### 情节(NN1 lwd = 2)行(NN2 [[1]], NN2[[2]],坳=“绿色”,lwd = 2)线(NN3 [[1]], NN3[[2]],坳=“蓝色”,lwd = 2)传说(-2.5、。9 lty = 1, lwd = 2,传说= c(“网站1”,“网站2”,“网站3”),坳= c(“黑”、“绿色”、“蓝色”))