RITAN是一个R包，用于术语注释和网络资源的快速集成。RITANdata是一个R包，包含了支持日坛的数据。
图书馆(RITANdata)R对象geneset_list这个版本的RITAN带有以下注释资源:
的名字(geneset_list)# #[1]“MSigDB_Hallmarks”“MSigDB_C2”# # MSigDB_C3[3]”。TFtargets”“MSigDB_C3。miRNA“##[5]“MSigDB_C5”“MSigDB_C7”##[7]“GO”“GO_slim_PIR”##[9]“GO_slim_generic”“PathwayCommonsPathways”##[11]“ReactomePathways”“NetPath_Gene_regulation”##[13]“Chaussabel_Modules”“Blood_Translaiton_Modules”##[15]“KEGG_filtered_canonical_pathways”“DisGeNet”请在你的分析中引用每一个资源。如果您使用MSigDB的数据，请登录MSigDB．这样做将有助于确保这些宝贵资源将来的可用性和扩大。
R对象，network_list，包含6种人类网络生物资源。此外，RITAN利用现有的R包来访问来自HPRD、BioGRID和STRING的数据。每个缓存资源的引用信息可以通过attr()访问:
需要(knitr)##装载所需的包:针织机kable（attr(network_list“network_data_sources”） ）| 缩写 | 引用 |
|---|---|
| PID | 谢福华，陈志伟，陈志伟，等。(2009)生物信号通路交互作用数据库。核酸研究37:D674-679。 |
| TFe | 王晓燕，王晓燕，王晓燕，等。(2012)转录因子的研究进展。基因组生物学13:R24。 |
| dPPI | 王晓燕，王晓燕，王晓燕，等。(2011)蛋白质互作网络在细胞内信号转导研究中的应用。科学信号4:rs8。 |
| HPRD | Prasad TS, Kandasamy K, Pandey A(2009)人类蛋白质参考数据库和人类蛋白质百科全书作为系统生物学的发现工具。分子生物学方法577:67-79。 |
| CCSB | Prasad TS, Kandasamy K, Pandey A(2009)人类蛋白质参考数据库和人类蛋白质百科全书作为系统生物学的发现工具。分子生物学方法577:67-79。 |
| 字符串 | Szklarczyk D, Franceschini A, Kuhn M, Simonovic M, Roth A，等(2011)2011年STRING数据库:蛋白质功能相互作用网络，全球整合和评分。核酸研究39:D561-568。 |
| HumanNet | 李毅，王皮，沈je, Marcotte EM.基于网络的全基因组关联数据增强的候选疾病基因优先级。基因组学报，2011;21(7):1109-1121。 |
| Biogrid | Chatr-Aryamontri A, Breitkreutz BJ, Oughtred R, Boucher L, Heinicke S, Chen D, Stark C, Breitkreutz A, Kolas N, ODonnell L, rely T, Nixon J, Ramage L, Winter A, Sellam A, Chang C, Hirschman J, Theesfeld C, Rust J, Livstone MS, Dolinski K, Tyers M. BioGRID交互数据库:2015年更新。核酸研究。2014年11月 |
| 农谢先生 | 徐浩，李志刚，李志刚，马泽明。(2010)基于基因芯片技术的转录因子调控研究进展。生物信息学。10月1日,26(19):2438 - 44。 |
我们从HPRD和BioGrid通过ProNet包中。我们从字符串通过STRINGdb包中。
在任何富集分析中，确定你的基因背景列表是至关重要的。所谓“背景”，我们指的是在您的研究中可以测量的实体的总和/宇宙。例如，如果你从全基因组测序中寻找任何编码基因的突变，那么基因组中的任何编码基因都可以被识别出来。然而，如果你在成纤维细胞细胞系上运行mRNA-Seq，那么只有该细胞系表达的基因才能被检测。
许多工具，包括RITAN，都对这种背景下的所有人类蛋白质编码基因做了默认假设。在RITAN中，函数有一个名为all_symbols用于定义背景基因列表。如果没有给出值，则函数load_all_protein_coding_symbols ()将从genenames.org下载当前列表。我们包括R对象cached_coding_genes，这是所有人类蛋白质编码基因的缓存下载。为了方便起见，这个物体被用于日坛的小插图中。
这取决于用户来决定这是否是一个合适的假设，或者是否应该选择不同的背景。一些“经验法则”是只使用用于文库生成的基因(例如外显子组捕获区域)，或者在任何条件下在输入细胞中表达。