这个包提供条形码,UMI,并设置(总线)格式的数据集从10 x基因组学:

• 100年1:1混合新鲜冷冻人类(HEK293T)和鼠标(NIH3T3)细胞化学(v2)
• 1 k 1:1混合新鲜冷冻的人类(HEK293T)和鼠标(NIH3T3)细胞化学(v3)
• 从健康捐献者1 k PBMCs (v3化学)
• 10 k的脑细胞E18鼠标(v3化学)

原始fastq文件已经被加工成总线格式,与下面的一个表列:条形码,UMI,等价类/设置和计算(即读取数量相同的条形码,UMI,并设置)。数据已经上传ExperimentHub。这个小插图展示了如何下载这个包上面的第一个数据集。看到BUSpaRse网站更详细的小插曲。

库(TENxBUSData) # >警告:替换之前的进口“跑龙套::findMatches”# >的S4Vectors:: findMatches装船时的AnnotationDbi图书馆(ExperimentHub) # >加载所需的包:BiocGenerics # > # >附加包:“BiocGenerics”# >蒙面以下对象从“包:统计”:# > # >差,疯了,sd, var, xtabs # >蒙面以下对象从“包:基地”:# > # >过滤器,发现,地图,位置,减少,anyDuplicated, aperm,追加,# > as.data.frame, basename, cbind colnames,目录名,做。电话,# >复制,eval, evalq, grep, grepl,相交,是。无序,# > lapp,宾州、匹配mget,秩序,粘贴,pmax, pmax.int, pmin, # > pmin.int,排名,rbind, rownames,酸式焦磷酸钠,setdiff,排序,表,# > tapply,联盟,独特的,不可分割的,。马克斯,。分钟# >加载所需的包:AnnotationHub # >加载所需的包:BiocFileCache # >加载所需的包:dbplyr

看到哪些数据集与这个包是可用的。

嗯< - ExperimentHub () listResources(呃,TENxBUSData) # >[1]“100 1:1混合新鲜冷冻的人类(HEK293T)和小鼠NIH3T3细胞“# > [2]“1 k 1:1混合新鲜冷冻的人类(HEK293T)和鼠标(NIH3T3)细胞化学(v3)”#> [3] "1k PBMCs from a Healthy Donor (v3 chemistry)" #> [4] "10k Brain Cells from an E18 Mouse (v3 chemistry)"

在这个描述中,我们下载数据集100细胞。的力参数将迫使redownload即使已经存在的文件。

TENxBUSData (”。”,数据集= " hgmm100 ",迫使= TRUE) # >看见吗? TENxBUSData和browseVignettes (TENxBUSData) # # > >下载1资源检索文档1 # # > >从缓存加载资源下载的文件在/ tmp / RtmpnflYCy / Rbuild2a67235e825ea TENxBUSData /小插曲/ out_hgmm100 # > [1]“/ tmp / RtmpnflYCy / Rbuild2a67235e825ea / TENxBUSData /小插曲/ out_hgmm100”

文件被下载?

list.files (“。/ out_hgmm100”) # >[1]”矩阵。ec”“输出。”“output.sorted排序。txt transcripts.txt“# > [4]

这些应足以构建一个稀疏矩阵与包BUSpaRse。