1基因座定义

chipenrich :: supported_locusdefs（）列出所有可用的基因座定义chipenrich :: supported_genomes（）。

这locusdefinition类具有以下定义：

方法:: setClass（“ locusdefinition”，方法::表示（dframe =“ data.frame”，granges =“ granges”，genome.build =“ cartarage”，“ cartinass”，enallisl =“ contracs =“ chipenrich.data”））；

• 最近的_tss：该基因座是跨越相邻基因TSS之间的中点的区域。
• 最近的_gene：该基因座是跨越每个基因边界之间的中点的区域，其中一个基因被定义为最远的上游TSS和该基因下游最远的下游TE之间的区域。如果两个基因基因座相互重叠，我们将重叠的中点作为两个基因座之间的边界。当一个基因座完全嵌套在另一个基因座时，我们会创建一个3个间隔的不连接集，其中最外面的基因分为嵌套基因端点的2个间隔。
• 1KB：该基因座是属于基因的任何TSS的1KB中的区域。如果来自两个相邻基因的TSS彼此2 kb以内，我们将两个TSS之间的中点用作每个基因的基因座的边界。
• 1KB_OUTSISE_UPSTREAM：该基因座是从TSS到相邻TSS之间的中点上游的1KB以上的区域。
• 1kb_outside：该基因座是从TSS到相邻TSS之间的中点上游或下游的1KB以上的区域。
• 5kb：该基因座是属于基因的任何TSS的5KB中的区域。如果来自两个相邻基因的TSS彼此之间的10 kb之内，我们将两个TSS之间的中点用作每个基因的基因座的边界。
• 5kb_outside_upstream：该基因座是从TSS到相邻TSS之间的中点上游的5KB以上的区域。
• 5kb_outside：该基因座是从TSS到相邻TSS之间的中点上游或下游的5KB以上的区域。
• 10kb：该基因座是属于基因的任何TSS的10KB中的区域。如果来自两个相邻基因的TSS彼此20 kb以内，我们将两个TSS之间的中点用作每个基因的基因座的边界。
• 10kb_outside_upstream：该基因座是从TSS到相邻TSS之间的中点上游的10KB以上的区域。
• 10kb_outside：该基因座是从TSS到相邻TSS之间的中点上游或下游的10KB以上的区域。
• 外显子：每个基因具有与其外显子相对应的多个基因座。允许不同基因之间的重叠。
• 内含子：每个基因具有与其内含子相对应的多个基因座。允许不同基因之间的重叠。

2基因

chipenrich :: supported_genesets（）列出所有可用基因chipenrich :: supported_genomes（）。

这基因组类具有以下定义：

＃S4类用于存储基因组。方法:: setClass（“ geneset”，表示（set.gene =“环境”，type =“ carture”，set.name =“ noveruction”，all.genes =“ cartare”，有机体=“字符”，dburl =“字符“），方法::原型（set.gene = new.env（parent = emptyenv（）），type =“”，set.name = new.env（parent = emptyenv（）），all.genes =“”，有机体=“”，dburl =“”），package =“ chipenrich.data”）

3TSS数据

TSS对象用于创建QC图Chipenrich（）给出TSSS峰距离的分布。TSS对象是格兰格和MCOL为了gene_id（Entrez基因ID）和象征（基因符号）。

4可视性数据

chipenrich :: supported_supported_read_lengths（）列出可用的映射数据。可视性数据是data.frame与列基因和Mappa。我们将基本对映射性定义为所有可能k的平均读取可映射性，该读数包括特定的基对位置，\（b \）。

5示例数据Chipenrich

我们包括两个示例峰集，peaks_e2f4和peaks_h3k4me3_gm12878，均用于基因组HG19。