SingscoreAMLMutations

DOI:10.18129 / B9.bioc.SingscoreAMLMutations

这是发展版本的SingscoreAMLMutations;稳定版请参见SingscoreAMLMutations。

利用singscore从转录组特征预测AML突变

Bioconductor版本:开发(3.16)

这个工作流程包展示了如何使用转录组签名来推断表型。工作流程首先展示如何使用TCGAbiolinks包下载和处理TCGA AML转录组数据。然后展示如何使用singscore包和来自MSigDB的签名对样本进行评分。最后，在预测AML中特定突变的情况下，显示了分数的预测能力。该工作流程展示了Bioconductor包的相互作用，以实现基因集级别的分析。

作者:Dharmesh D. Bhuva [aut, cre]， Momeneh Foroutan [au]， Yi Xie [aut]，吕汝倩[aut]，马尔维卡·卡班达[aut]——约瑟夫·库尔森[au]——梅莉莎·j·戴维斯[作者]

维护者:Dharmesh D. Bhuva < Bhuva。D at wehi.edu.au>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") #初始化使用Bioc devel BiocManager::install(version='devel') BiocManager::install("SingscoreAMLMutations")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放。

文档

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow，GenomicVariantsWorkflow，ImmunoOncologyWorkflow，工作流
版本	1.13.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1.0)
进口	dcanr，刨边机，ggplot2，gridExtra，GSEABase，mclust，org.Hs.eg.db，plyr，reshape2，rtracklayer，singscore，SummarizedExperiment，TCGAbiolinks，BiocFileCache
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，BiocWorkflowTools，拼写
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/DavisLaboratory/SingscoreAMLMutations
BugReports	https://github.com/DavisLaboratory/SingscoreAMLMutations/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/SingscoreAMLMutations
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/SingscoreAMLMutations
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/SingscoreAMLMutations/
软件包下载报告	下载数据