CytofworkFlow

doi：10.18129/b9.bioc.cytofworkflow

这是发展CYTOFWORKFLOW的版本；对于稳定版本，请参阅CytofworkFlow。

CYTOF工作流程：高通量高维细胞仪数据集中的差分发现

生物导体版本：开发（3.16）

高维质量和流式细胞仪（HDCYTO）实验已成为一种高通量询问和细胞群体表征的选择方法。在这里，我们提出了基于R的最新管道，用于对HDCYTO数据进行差异分析，这主要基于生物导体包。我们使用流量聚类来计算定义细胞群，并促进可选但可再现的策略，用于手动合并算法生成的簇。我们的工作流提供了不同的分析路径，包括细胞类型丰度与表型的关联或特定亚群中信号标记的变化，或者对聚合信号的差分分析。重要的是，我们显示的差分分析是基于回归框架，其中HDCYTO数据为响应。因此，我们能够对任意实验设计进行建模，例如具有批处理效果，配对设计等的设计设计。特别是，我们将广义的线性混合模型或线性混合模型应用于对信号标记的细胞种群丰度或细胞构型特异性分析的分析，从而使细胞计数过度分散或跨样品的聚合信号适当建模。为了支持形式的统计分析，我们鼓励在每个步骤中进行探索性数据分析，包括质量控制（例如，多维缩放图），报告结果的报告（降低维度，带有树状图的热图）和差异分析（例如，聚集的图信号）。

作者：Malgorzata Nowicka [AUT]，Helena L. Crowell [AUT]，Mark D. Robinson [AUT，CRE]

维护者：Mark D. Robinson

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.2”）并输入：

if（！quired（“ Biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ Biocmanager”）＃以下初始化Bioc Devel Biocmanager :: install（version = devel ='devel'）biocmanager :: install（“ cytofworkflow”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

browsevignettes（“ cytofworkflow”）

html

高通量高维细胞仪数据集中差分发现的工作流程

细节

生物浏览	Immunooncologyworkflow，，，，SingleCellworkFlow，，，，工作流程
版本	1.21.0
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.6.0），生物使用，，，，尼特，，，，readxl，，，，催化剂，，，，diffcyt，，，，hdcytodata，，，，UWOT，，，，牛仔图
进口
链接
建议	编织，，，，降价，，，，rmarkDown
系统要求
增强
URL	https://github.com/markrobinsonuzh/cytofworkflow
BugReports	https://github.com/markrobinsonuzh/cytofworkflow/issues
取决于我
进口我
建议我
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包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	cytofworkflow_1.21.0.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13（高山脉）
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cytofworkflow
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/cytofworkflow
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/cytofworkflow/
软件包下载报告	下载统计