edger.

DOI：10.18129 / b9.bioc.edger.

r的数字基因表达数据的实证分析

Biocometiond版本：释放（3.12）

具有生物复制的RNA-SEQ表达谱的差异表达分析。基于负二项份分布实现一系列统计方法，包括经验贝叶斯估计，精确测试，广义线性模型和准可能性测试。以及RNA-SEQ，它适用于产生读数的其他类型基因组数据的差分信号分析，包括芯片-SEQ，ATAC-SEQ，Bisulfite-SEQ，Sage和笼。

作者：云顺陈，亚伦TL LUN，戴维斯J麦卡锡，Matthew E Ritchie，Belinda Phipeon，Yifang Hu，Xiaobei Zhou，Mark D Robinson，Gordon K Smyth

维护者：Yunshun Chen ，Gordon Smyth ，Aaron Lun Mark Robinson

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细节

Biocviews.	替代品那batcheffect.那贝叶斯那BioMeDicalInformatics那细胞生物学那chipseq.那聚类那覆盖范围那德甲基化那不同的亚兴那差分甲基化那差异化那表观遗传学那官能组学那基因表达那GenesetenRichment.那遗传学那免疫学那多匹匹莫森那正常化那途径那QualityControl.那rnaseq.那回归那智者那测序那软件那系统生物学那时间课程那转录那转录组学
版	3.32.0
在生物导体中以来	BIOC 2.3（R-2.8）（12岁）
执照	GPL（> = 2）
依靠	r（> = 3.6.0），林马（> = 3.41.5）
进口	方法，图形，统计数据，UIL，Locfit.那rcpp.
链接到	rcpp.
建议	雅思石那读书那RHDF5.，花键，BioBase.那annotationdbi.那概括分析那org.hs.eg.db.
系统要求	C ++ 11.
加强
URL.	http://bioinf.wehi.edu.au/edgerhttps://biocumon.org/packages/edger.
取决于我	Aspli.那DBCHIP.那edda.那EGSEA123那利益那甲基汞那Reactomegsa.data.那RNASEQ123那rnaseqdtu.那rnaseqgeneedgerql.那rnaseqr.那rnaseqsamplesizatiodata.那Ruvseq.那仙人掌那TCC.那翻译
进口我	倍感工具那Anota2seq.那ArrayExpresshts.那Atacseqqc.那适华那贝凯那Bioqc.那Chromscape.那Circrnaprofiler.那丁浓缩那cnvranger.那Compcoder.那共识那COSEQ.那countsimqc.那CSAW.那Damireseq.那德布雷斯勒那decomplexdisease.那畸形那重新评估那去掉那diffcyt.那Diffhic.那差异那dittoseq.那dmrcate.那辅修那德里姆瑟克那Dropletuls.那easyrnaseq.那edda.那EEGC.那EGSEA.那Eisar.那enrichmentbrowser.那erccdashboard.那erssa.那gdcrnatools.那光明那GSEABENCHMARMARL那htsfilter.那冰茶那地狱那IsoformSwitchAnalyzer.那Mobsseq.那Maaslin2.那冰雹那metaseqr.那METASEQR2.那米格莎那MLSEQ.那msgbsr.那msmstests.那多种审核那马斯喀特那nbsplice.那实证那正确那Psichomics.那rcm.那revountworkflow.那regsplice.那repitools.那ReportingTools.那rnaseqmap.那RNASEQSAMPLESIZE.那罗斯克那SCCB2.那SCDE.那烤那斯那setools.那SIMD.那singlecellsignalr.那斯嘉西尔那singscoreamlmutations.那spatialheatmap.那泼溅那Spsimseq.那议案那SVA.那svaplsseq.那Systempiper.那TBSignatureProfiler.那Tcseq.那TimeSeriesexperiment.那TRADESEQ.那TweedeSeQ.那vidger.那纱那Zinbwave.
建议我	ABSSEQ.那重音那生物室那比特查那CageWorkflow.那chipseqdb.那classifyr.那clonotyper那CQN.那CsawUsersGuide.那Cydar.那dcanr.那亲爱的那descan2.那Easyreporting.那edaseq.那吐那Gcrisprtools.那基因管理那Genomicranges.那glmgampoi.那Goseq.那GROHMM那GSAR.那GSVA.那理想那Iseeu.那JCTSeqdata.那Leebamviews.那MissMethyl.那多米尔那RegionReport.那RibosomeProfiling QC那SEQGATE.那SSPA.那stager.那潜艇那摘要博马克那tcgabiolinks.那Tidybulk.那Topaseq.那TopConfects.那tximeta.那tximport.那variancepartition.那Weitrix.那扳手那ZFPKM.
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源包	Edger_3.32.0.tar.gz.
Windows二进制文件	edger_3.32.0.zip.（32-＆64位）
Macos 10.13（高塞拉）	edger_3.32.0.tgz.
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/edger.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包装/ edger
包短网址	https://biocumon.org/packages/edger//
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