Bioconductor版本:版本(3.17)
转录因子(TFs)发挥着至关重要的作用在调节基因的转录过程绑定单独或组合的方式,TF富集分析是一种有效和重要的程序来定位候选功能TFs监管区域定义的一组实验。虽然普遍接受结构相关的TFs可能有类似的绑定优先序列(即主题)和一个特遣部队可能有多个主题,TF富集分析比主题浓缩分析更具挑战性。这里我们提出一个R包TF富集分析,结合主题浓缩与PECA模型。
作者:郑魏、Zhana Duren,闪亮的马
维护人员:郑魏< wzwz stanford.edu >
从内部引用(R,回车引用(“enrichTF”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“enrichTF”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“enrichTF”)
HTML | R脚本 | 介绍enrichTF |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | GeneTarget,GraphAndNetwork,MotifAnnotation,软件,转录 |
版本 | 1.16.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.9 (r - 3.6)(4年) |
许可证 | GPL-3 |
取决于 | pipeFrame |
进口 | BSgenome,rtracklayer,motifmatchr,TFBSTools,R。跑龙套、方法JASPAR2018,GenomeInfoDb,GenomicRanges,IRanges,BiocGenerics,S4Vectors跑龙套,平行,统计、ggpubr heatmap3, ggplot2,clusterProfiler,grDevices rmarkdown magrittr |
链接 | |
建议 | knitr、testthat webshot |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/wzthu/enrichTF |
BugReports | https://github.com/wzthu/enrichTF/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
源包 | enrichTF_1.16.0.tar.gz |
Windows二进制 | enrichTF_1.16.0.zip |
macOS二进制(x86_64) | enrichTF_1.16.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | enrichTF_1.16.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/enrichTF |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ enrichTF |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/enrichTF/ |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/enrichTF/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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