ensemblVEP

DOI:10.18129 / B9.bioc.ensemblVEP

R集成变效应预测器接口

Bioconductor版本:发行版(3.15)

通过perl API查询集成变量效应预测器。

作者:Valerie Obenchain和Lori Shepherd

维护者:Bioconductor包维护者< Bioconductor .org>的维护者

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" ensemble blvep ")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“ensemblVEP”)

PDF	R脚本	ensemblVEP
PDF	R脚本	PreV90EnsemblVEP
PDF		参考手册
文本		自述
文本		新闻

细节

biocViews	注释，单核苷酸多态性，软件，VariantAnnotation
版本	1.38.0
在Bioconductor公司	BioC 2.12 (R-3.0)(9.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	方法,BiocGenerics，GenomicRanges，VariantAnnotation
进口	S4Vectors(> = 0.9.25),Biostrings，SummarizedExperiment，GenomeInfoDb,统计数据
链接
建议	RUnit
SystemRequirements	必须安装ensemble VEP (API版本105)和Perl模块DBI和DBD::mysql。请参阅软件包README和ensemble安装说明:http://www.ensembl.org/info/docs/tools/vep/script/vep_download.html#installer
增强了
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全靠我
进口我	MMAPPR2，TVTB
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	ensemblVEP_1.38.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)	ensemblVEP_1.38.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/ensemblVEP
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ ensemble blvep
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/ensemblVEP/
软件包下载报告	下载数据
bioc3.15的旧源包	源存档