epialleleR

DOI:10.18129 / B9.bioc.epialleleR

快速，外等位基因感知甲基化报告器

Bioconductor版本:发行版(3.16)

外等位基因是有丝分裂和/或减数分裂遗传的特定DNA甲基化模式。该软件包调用下一代测序数据中基因组区域或单个胞嘧啶水平的高甲基化外等位基因频率，使用二进制对齐图(BAM)文件作为输入。其他功能包括提取甲基化模式，计算每读beta值的经验累积分布函数，以及测试在特定基因组位置(SNPs)上表观等位基因甲基化状态和基频率之间关联的重要性。

作者:Oleksii Nikolaienko

维护者:Oleksii Nikolaienko < Oleksii。尼古拉在gmail.com>

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("epialleleR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“epialleleR”)

超文本标记语言	R脚本	epialleleR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DNAMethylation，表观遗传学，MethylSeq，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor公司	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.1)
进口	统计，方法，工具，GenomicRanges，BiocGenerics，GenomeInfoDb，SummarizedExperiment，VariantAnnotation，stringi，data.table
链接	Rcpp，黑洞，Rhtslib，zlibbioc
建议	RUnit，knitr，rmarkdown，ggplot2，ggstance，gridExtra
SystemRequirements	c++ 17, GNU使
增强了
URL	https://github.com/BBCG/epialleleR
BugReports	https://github.com/BBCG/epialleleR/issues
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	epialleleR_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	epialleleR_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	epialleleR_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	epialleleR_1.6.0.tgz
源库	git clone https://git.bioconductor.org/packages/epialleleR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/epialleleR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/epialleleR/
软件包下载报告	下载数据