fastreeR

DOI:10.18129 / B9.bioc.fastreeR

系统发育，距离和其他计算的VCF和Fasta文件

Bioconductor版本:Release (3.15)

计算距离，建立系统进化树或在VCF或FASTA文件的样本之间执行分层聚类。函数在Java中实现，并通过rJava调用。并行实现，直接在VCF或FASTA文件上进行快速执行。

作者:Anestis Gkanogiannis [aut, cre]

维护者:Anestis Gkanogiannis < Anestis at gkanogiannis.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“fastreeR”)

超文本标记语言	R脚本	fastreeR
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,宏基因组,系统发生学,软件
版本	1.0.0
在Bioconductor	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.2)
进口	猿,data.table,dynamicTreeCut、方法、R.utils,rJava统计数据,stringr,跑龙套
链接
建议	BiocFileCache,BiocStyle、图形、knitr,memuse,rmarkdown,拼写,testthat(> = 3.0.0)
SystemRequirements	Java (>= 8)
增强了
URL	https://github.com/gkanogiannis/fastreeRhttps://github.com/gkanogiannis/BioInfoJava-Utils
BugReports	https://github.com/gkanogiannis/fastreeR/issues
全靠我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	fastreeR_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	fastreeR_1.0.0.zip(64位)
macOS二进制文件(x86_64)	fastreeR_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fastreeR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/fastreeR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/fastreeR/
软件包下载报告	下载数据