鱼池

doi：10.18129/b9.bioc.fishpond

Fishpond：差分转录本和基因表达，具有推论重复

生物导体版本：版本（3.13）

Fishpond包含用于使用推断的重复作用，用于对RNA-seq数据进行差异转录和基因表达分析的方法，这些重复是通过Gibbs采样或自举抽样产生的不确定性丰度定量的不确定性。该软件包还包含用于使用鲑鱼和Alevin量化文件的实用程序。

作者：Anzi Zhu [AUT，CTB]，Michael Love [AUT，CRE]，Avi Srivastava [Aut，CTB]，Rob Patro [Aut，CTB]，Joseph Ibrahim [AUT，CTB]，Hirak Sarkar [CTB]，Scott Van，Scott VanBuren [CTB]

维护者：迈克尔·洛夫（Michael Love）

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.1”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ fishpond”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Fishpond”）

html	R脚本	DTE和DGE具有推论重复
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	替代方案，，，，批处理效应，，，，差异性，，，，差速器，，，，基因表达，，，，多重组合，，，，正常化，，，，rnaseq，，，，回归，，，，测序，，，，Singlecell，，，，软件，，，，转录，，，，可视化
版本	1.8.0
在生物导体中	Bioc 3.9（R-3.6）（2年）
执照	GPL-2
要看
进口	图形，统计，utils，方法，艾宾，，，，gtools，，，，QVALUE，，，，S4VECTORS，，，，总结性特征，，，，矩阵，，，，SVMISC，，，，RCPP，，，，矩阵
链接	RCPP
建议	测试，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，巨噬细胞，，，，tximeta，，，，org.hs.eg.db，，，，萨姆，，，，deseq2，，，，apeglm，，，，tximportdata，，，，Singlecellexperiment，，，，林玛
系统要求	C ++ 11
增强
URL	https://github.com/mikelove/fishpond
取决于我
进口我	Singlecelltk
建议我	tximport
链接到我
构建报告

包装档案

跟随2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	fishpond_1.8.0.tar.gz
Windows二进制	fishpond_1.8.0.zip
MacOS 10.13（高山脉）	fishpond_1.8.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fishpond
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：包装/fishpond
包装短URL	//www.andersvercelli.com/packages/fishpond/
软件包下载报告	下载统计