爱马仕

DOI:10.18129 / B9.bioc.hermes

RNA-seq数据的预处理、分析和报告

Bioconductor版本:发行版(3.15)

提供用于预处理RNA-seq数据的质量控制、过滤、归一化和差异表达分析的类和函数。数据可以从“summarizeexperiment”和“matrix”对象中导入，并可以从BioMart中进行注释。支持筛选表达量过低或不包含必要注释的基因，以及筛选与其他样本有足够相关性或读取总数的样本。标准的归一化方法包括' cpm '， ' rpkm '和' tpm '可以使用，' DESeq2 '和' boom '差分表达式分析是可用的。

作者:Daniel Sabanés Bové [aut, cre]， Namrata Bhatia [aut]， Stefanie Bienert [aut]， Benoit Falquet [aut]，李浩成[aut]， Jeff Luong [aut]， Lyndsee Midori Zhang [aut]， Simona Rossomanno [aut]， Tim Treis [aut]， Mark Yan [aut]， Naomi Chang [aut]， Chendi Liao [aut]， Carolyn Zhang [aut]， Joseph N. Paulson [aut]

维护人员:Daniel Sabanés Bové < Daniel。在roche.com sabanes_bove >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("hermes")

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文档

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超文本标记语言	R脚本	介绍“爱马仕”
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DifferentialExpression，归一化，预处理，质量控制，RNASeq，软件
版本	1.0.1
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	Apache License 2.0 |文件许可证
取决于	ggfortify， r (>= 4.1)，SummarizedExperiment(> = 1.16)
进口	为了，biomaRt，Biobase，BiocGenerics，使彻底失败(> = 2.1),circlize，ComplexHeatmap，DESeq2，dplyr，刨边机，EnvStats，forcats，GenomicRanges，ggplot2，ggrepel(> = 0.9),IRanges，生命周期，limma，magrittr，matrixStats、方法、MultiAssayExperiment，purrr，R6，Rdpack，rlang统计数据,S4Vectors，tidyr,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，DelayedArray，DT、网格httr，knitr，rmarkdown，statmod，testthat(> = 2.0),vdiffr，withr
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/insightsengineering/hermes/
BugReports	https://github.com/insightsengineering/hermes/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	hermes_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	hermes_1.0.1.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	hermes_1.0.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/hermes
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:爱马仕包/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/hermes/
包下载报告	下载数据
bioc3.15的旧源包	源存档