iPath

DOI:10.18129 / B9.bioc.iPath

iPath管道检测扰动路径在个人水平

Bioconductor版本:发行版(3.16)

iPath是Bioconductor软件包，用于计算个性化路径评分并测试与生存结果的相关性。丰富的单基因生物标记物已被鉴定并应用于临床。然而，在肿瘤发生过程中涉及数百个癌基因或抑癌基因。我们认为，与单个基因相比，预定义通路或基因集的个体水平表达模式是更好的生物标志物。在这项研究中，我们设计了一种名为iPath的计算方法来识别预后生物标志物途径，一次一个样本。为了测试它的实用性，我们对来自癌症基因组图谱的14种癌症类型进行了泛癌症分析，并证明iPath能够识别高度预测临床结果的生物标志物，包括总生存期、肿瘤亚型和肿瘤分期分类。我们发现基于通路的生物标记物比单基因更强大和有效。

作者:苏克农[aut, cre]，秦朝晖[aut]

维护者:Kenong Su < Kenong。Su在emory.edu>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“iPath”)

超文本标记语言	R脚本	iPath用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	GeneExpression，通路，软件，生存
版本	1.4.2
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 4.1)，mclust，BiocParallel，生存
进口	Rcpp(> = 1.0.5),matrixStats，ggpubr，ggplot2，survminer,统计数据
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	rmarkdown，BiocStyle，knitr
SystemRequirements	c++ 11
增强了
URL
BugReports	https://github.com/suke18/iPath/issues
全靠我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	iPath_1.4.2.tar.gz
Windows二进制	iPath_1.4.1.zip
macOS二进制文件(x86_64)	iPath_1.4.2.tgz
macOS二进制文件(arm64)	iPath_1.4.1.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/iPath
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/iPath
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/iPath/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/iPath/
软件包下载报告	下载数据
BioC 3.16的旧源包	源存档