Bioconductor版本:版本(3.17)
icetea(集成帽浓缩与转录表达分析)提供了多个5 '端到端分析功能分析方法如笼,横冲直撞,MAPCap,开始从原始读取使用复制转录起始点的检测。它还允许执行微分TSS检测组样品之间,因此,整合mRNA帽与转录表达浓缩信息分析。
作者:Vivek Bhardwaj (aut (cre)
维护人员:Vivek Bhardwaj < v。在hubrecht.eu bhardwaj >
从内部引用(R,回车引用(“icetea”)
):
安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:
如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“icetea”)
R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。
查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:
browseVignettes (“icetea”)
HTML | R脚本 | 分析记录5 '用icetea分析数据 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 | |
文本 | 许可证 |
biocViews | DifferentialExpression,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,测序,软件,转录,转录组 |
版本 | 1.17.0 |
Bioconductor自 | BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年) |
许可证 | GPL-3 +文件许可证 |
取决于 | R (> = 4.0) |
进口 | 统计数据、跑龙套、方法、图形、grDevices ggplot2,GenomicFeatures,ShortRead,BiocParallel,Biostrings,S4Vectors,Rsamtools,BiocGenerics,IRanges,GenomicAlignments,GenomicRanges,rtracklayer,SummarizedExperiment,VariantAnnotation,limma,刨边机,csaw,DESeq2,TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene |
链接 | |
建议 | knitr rmarkdown,Rsubread(> = 1.29.0),testthat |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/vivekbhr/icetea |
BugReports | https://github.com/vivekbhr/icetea/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
我的链接 | |
构建报告 |
遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。
源包 | icetea_1.17.0.tar.gz |
Windows二进制 | icetea_1.17.0.zip(64位) |
macOS二进制(x86_64) | icetea_1.17.0.tgz |
macOS二进制(arm64) | icetea_1.17.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/icetea |
源库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:包/ icetea |
Bioc包浏览器 | https://code.bioconductor.org/browse/icetea/ |
包短Url | //www.andersvercelli.com/packages/icetea/ |
包下载报告 | 下载数据 |
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