烤肉串

DOI:10.18129 / B9.bioc.kebabs

生物序列的核分析

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该软件包通过基于svm的方法提供了基于DNA, RNA和氨基酸序列的内核分析功能。作为核心功能，kebabs实现了以下序列内核:谱内核、错配内核、gappy pair内核和motif内核。除了有效地实现标准的位置无关功能外，内核还以一种新颖的方式进行了扩展，以便将模式的位置考虑到相似性度量。由于核公式的灵活性，其他核如加权度核或位置常加权的移位加权度核作为特殊情况被包括在内。内核的一个特定于注释的变体使用沿着序列放置的注释信息以及序列中的模式。该包允许为所有可用的内核生成密集或稀疏格式的内核矩阵或显式特征表示，这些可用内核可以与其他R包中实现的方法一起使用。通过关注基于SVM的方法，kebabs提供了一个框架，简化了kernlab、e1071和LiblineaR中现有SVM实现的使用。二进制和多类分类以及回归任务可以统一使用，而不必处理所选SVM的不同功能、参数和格式。作为选择超参数的支持，该包提供了交叉验证——包括分组交叉验证、网格搜索和模型选择功能。为了更容易地对结果进行生物学解释，该包计算了所有支持向量机和预测配置文件的特征权重，这些配置文件显示了单个序列位置对预测结果的贡献，并指示了序列部分与学习结果和潜在生物学功能的相关性。

作者:约翰内斯·帕尔梅

维护者:Ulrich Bodenhofer < Bodenhofer at bioinf.jku.at>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

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PDF	R脚本	KeBABS -一个基于核的生物序列分析的R包
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文本		新闻

细节

biocViews	分类，聚类，回归，软件，SupportVectorMachine
版本	1.32.0
在Bioconductor	BioC 3.0 (R-3.1)(8.5年)
许可证	GPL (>= 2.1)
取决于	R (>= 3.3.0)，Biostrings(> = 2.35.5),kernlab
进口	方法、统计数据Rcpp(> = 0.11.2),矩阵(1.5 > = 0),XVector(> = 0.7.3),S4Vectors(> = 0.27.3),e1071，LiblineaR，图形，grDevices, utils，apcluster
链接	IRanges，XVector，Biostrings，Rcpp，S4Vectors
建议	SparseM，Biobase，BiocGenerics，knitr
SystemRequirements
增强了
URL	http://www.bioinf.jku.at/software/kebabs/https://github.com/UBod/kebabs
全靠我	procoil
进口我	odseq
建议我	有尖刺的
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	kebabs_1.32.0.tar.gz
Windows二进制	kebabs_1.32.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	kebabs_1.32.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	kebabs_1.32.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/kebabs
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/kebabs
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/kebabs/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/kebabs/
软件包下载报告	下载数据