maftools

DOI:10.18129 / B9.bioc.maftools

总结，分析和可视化MAF文件

Bioconductor版本:发行版(3.16)

分析和可视化大规模测序研究中的突变注释格式(MAF)文件。这个包提供了各种功能来执行癌症基因组学中最常用的分析，并以最小的工作量创建丰富的可定制可视化功能。

作者:Anand Mayakonda [aut, cre]

维护者:Anand Mayakonda

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“maftools”)

超文本标记语言	R脚本	01:总结，分析和可视化MAF文件
超文本标记语言	R脚本	02:自定义肿瘤
超文本标记语言	R脚本	03:癌症报告
超文本标记语言	R脚本	04:拷贝数分析
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	分类，DNASeq，DataRepresentation，DriverMutation，FeatureExtraction，FunctionalGenomics，测序，软件，SomaticMutation，生存，VariantAnnotation，可视化
版本	2.14.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 3.3)
进口	data.table， grDevices，方法，RColorBrewer，Rhtslib，生存，DNAcopy
链接	Rhtslib，zlibbioc
建议	berryFunctions，Biostrings，BSgenome，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，GenomicRanges，IRanges，knitr，mclust，MultiAssayExperiment，NMF，R.utils，RaggedExperiment，rmarkdown，S4Vectors，pheatmap，旋度
SystemRequirements	GNU使
增强了
URL	https://github.com/PoisonAlien/maftools
BugReports	https://github.com/PoisonAlien/maftools/issues
全靠我
进口我	CIMICE，katdetectr，musicatk，TCGAbiolinksGUI，TCGAWorkflow
建议我	GenomicDataCommons，MultiAssayExperiment，survtype，TCGAbiolinks
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	maftools_2.14.0.tar.gz
Windows二进制	maftools_2.14.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	maftools_2.14.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	maftools_2.14.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/maftools
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/maftools
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/maftools/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/maftools/
软件包下载报告	下载数据