methylclock

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylclock

甲基时钟-基于DNA甲基化的时钟

Bioconductor版本:发行版(3.16)

该包允许使用不同的甲基化时钟估计时间和妊娠期DNA甲基化(DNAm)年龄以及生物学年龄。按时间顺序排列的DNAm年龄(年):霍瓦特时钟，汉纳姆时钟，BNN，霍瓦特皮肤+血液时钟，PedBE时钟和吴氏时钟。妊娠DNAm年龄:奈特时钟，波林时钟，梅恩时钟和李氏时钟。生物DNAm时钟:莱文时钟和端粒长度时钟。

作者:Dolors Pelegri-Siso [aut, cre]，胡安·r·冈萨雷斯[au]

维持器:Dolors Pelegri-Siso < Dolors。Pelegri在isglobal.org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“methylclock”)

超文本标记语言	R脚本	DNAm使用不同的甲基化时钟老化
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	BiologicalQuestion，DNAMethylation，归一化，预处理，软件，StatisticalMethod
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.1.0)，methylclockData，devtools，quadprog
进口	Rcpp(> = 1.0.6),ExperimentHub，dplyr，嫁祸于，PerformanceAnalytics，Biobase，ggpmisc，tidyverse，ggplot2，ggpubr，minfi，宠物猫，RPMM，统计，图形，tidyr，gridExtra，preprocessCore，dynamicTreeCut，地球
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，knitr，GEOquery，rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/isglobal-brge/methylclock
BugReports	https://github.com/isglobal-brge/methylclock/issues
全靠我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	methylclock_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	methylclock_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	methylclock_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	methylclock_1.4.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylclock
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methylclock
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/methylclock/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/methylclock/
软件包下载报告	下载数据