miaSim

DOI:10.18129 / B9.bioc.miaSim

微生物组数据模拟

Bioconductor版本:发行版(3.16)

应用广义Lotka-Volterra模型、自组织不稳定性(SOI)等模型进行微生物组时间序列模拟。利用哈贝尔中性模型来确定丰度矩阵。得到的丰度矩阵应用于summarizeexperiment或tresummarizeexperiment对象。

作者:Karoline Faust [aut]， Yu Gao [aut]， Emma Gheysen [aut]， Daniel Rios Garza [aut]， Yagmur Simsek [cre, aut]， Leo Lahti [aut]

维护者:Yagmur Simsek < Yagmur。Simsek在hsrw.org>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“miaSim”)

超文本标记语言	R脚本	miaSim
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ATACSeq，报道，DNASeq，微生物组，网络，测序，软件
版本	1.4.0
在Bioconductor	bio3.14 (R-4.1)(1年)
许可证	artist -2.0 |文件许可证
取决于	SummarizedExperiment，TreeSummarizedExperiment
进口	deSolve统计数据,poweRlaw，gtools，S4Vectors，MatrixGenerics
链接
建议	rmarkdown，knitr，BiocStyle，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/microbiome/miaSim
BugReports	https://github.com/microbiome/miaSim/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	miaSim_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	miaSim_1.4.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	miaSim_1.4.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	miaSim_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/miaSim
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/miaSim
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/miaSim/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/miaSim/
软件包下载报告	下载数据