mistyR

DOI:10.18129 / B9.bioc.mistyR

多视图细胞间空间建模框架

Bioconductor版本:发行版(3.16)

mistyR是Multiview Intercellular SpaTialmodeling框架(MISTy)的实现。MISTy是一个可解释的机器学习框架，用于单细胞、高度复用、空间分辨率数据的知识提取和分析。MISTy通过分析细胞内和细胞间的关系，促进了对标记相互作用的深入理解。MISTy是一个灵活的框架，能够处理自定义数量的视图。这些视图中的每一个都可以描述不同的空间背景，即定义观察到的标记物表达之间的关系，如细胞内调节或旁分泌调节，而且，视图还可以捕获细胞类型的特定关系，捕获功能足迹之间的关系或关注不同解剖区域之间的关系。每个MISTy视图都被认为是测量标记表达式变化的潜在来源。然后分析每个MISTy视图对每个标记的总表达的贡献，并根据与导致观测贡献的其他测量的相互作用进行解释。

作者:Jovan Tanevski [cre, aut]，里卡多·奥马尔·拉米雷斯·弗洛雷斯[ctb]，菲利普Schäfer [ctb]

维护者:Jovan Tanevski < Jovan。Tanevski在uni-heidelberg.de>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

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文档

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browseVignettes(“mistyR”)

超文本标记语言	R脚本	开始
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细节

biocViews	BiomedicalInformatics，CellBiology，DecisionTree，回归，SingleCell，软件，空间，SystemsBiology
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.13 (R-4.1)(1.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 4.0)
进口	为了，脱字符号，deldir，消化，距离，dplyr，filelock，furrr(> = 0.2.0),ggplot2、方法、purrr，管理员，readr，脊，rlang，rlist，R.utils统计数据,stringr，宠物猫，tidyr，tidyselect跑龙套,withr
链接
建议	BiocStyle，covr，地球，未来，igraph(> = 1.2.7)编写,安恩科技，kernlab，knitr，质量，rmarkdown，RSNNS，testthat(> = 3.0.0),xgboost
SystemRequirements
增强了
URL	https://saezlab.github.io/mistyR/
BugReports	https://github.com/saezlab/mistyR/issues
全靠我
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包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	mistyR_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	mistyR_1.6.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	mistyR_1.6.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	mistyR_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mistyR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/mistyR
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/mistyR/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/mistyR/
软件包下载报告	下载数据