msPurity

DOI:10.18129 / B9.bioc.msPurity

代谢组学中基于质谱碎片的前体离子纯度自动评估

Bioconductor版本:发行版(3.16)

开发mspsecurity R包用于:1)通过评估“前体离子纯度”来评估碎片光谱的光谱质量。2)过程碎片谱。3)进行光谱匹配。前体离子纯度是多少?-我们称之为“前体离子纯度”是用于碎片化的隔离窗口中选定前体峰的贡献的量度。简单的计算包括用所选前驱体峰值的强度除以隔离窗口的总强度。在评估MS/MS谱时，该计算在感兴趣的MS/MS扫描之前和之后进行，纯度在MS/MS采集的记录时间内进行插值。此外，同位素峰可以去除，低丰度峰被认为对所得到的MS/MS谱的贡献有限，质谱计的隔离效率可用于归一化用于计算的强度。

作者:托马斯·n·劳森[aut, cre]、拉尔夫·韦伯[ctb]、马丁·琼斯[ctb]、朱利安·圣凡纳[ctb]、安德里斯·简克维奇[ctb]、马克·维昂[ths]、沃里克·邓恩[ths]

维护者:Thomas N. Lawson < Thomas .nigel。劳森在gmail.com>

安装

要安装这个包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!require("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“msPurity”)

超文本标记语言	R脚本	msPurity
超文本标记语言	R脚本	mspsecurity光谱数据库模式
超文本标记语言	R脚本	mspsecurity光谱匹配
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	MassSpectrometry，代谢组学，软件
版本	1.24.0
在Bioconductor	BioC 3.4 (R-3.3)(6.5年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	Rcpp
进口	plyr，dplyr，dbplyr，magrittr，foreach平行,doSNOW，stringr，mzR，reshape2，fastcluster，ggplot2，DBI，RSQLite
链接
建议	MSnbase，testthat，xcms，BiocStyle，knitr，rmarkdown，msPurityData，相机，RPostgres，RMySQL
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/computational-metabolomics/msPurity/
BugReports	https://github.com/computational-metabolomics/msPurity/issues/new
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

源包	msPurity_1.24.0.tar.gz
Windows二进制	msPurity_1.24.0.zip
macOS二进制文件(x86_64)	msPurity_1.24.0.tgz
macOS二进制文件(arm64)	msPurity_1.24.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/msPurity
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ mspsecurity
生物包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/msPurity/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/msPurity/
软件包下载报告	下载数据