multiGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.multiGSEA

GSEA-based通路富集结合多组学数据集成

Bioconductor版本:版本(3.17)

从途径来自8个不同的数据库中提取特征(KEGG, Reactome、Biocarta等)可用于转录组、蛋白质组学和/或代谢组学水平计算结合GSEA-based浓缩得分。

作者:塞巴斯蒂安Canzler (aut (cre),Jorg Hackermuller (aut)

维护人员:塞巴斯蒂安Canzler <塞巴斯蒂安。在ufz.de canzler >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“multiGSEA”)

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HTML	R脚本	multiGSEA.html
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文本		新闻

细节

biocViews	BioCarta,GeneSetEnrichment,通路,Reactome,软件
版本	1.10.0
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(2.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.0.0)
进口	magrittr,石墨,AnnotationDbi,metaboliteIDmappingdplyr,fgsea,rappdirs metap rlang、方法
链接
建议	org.Hs.eg.db,org.Mm.eg.db,org.Rn.eg.db,org.Ss.eg.db,org.Bt.eg.db,org.Ce.eg.db,org.Dm.eg.db,org.Dr.eg.db,org.Gg.eg.db,org.Xl.eg.db,org.Cf.eg.dbknitr rmarkdown,BiocStyletestthat(> =魅惑
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/yigbt/multiGSEA
BugReports	https://github.com/yigbt/multiGSEA/issues
取决于我
进口我
建议我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	multiGSEA_1.10.0.tar.gz
Windows二进制	multiGSEA_1.10.0.zip
macOS二进制(x86_64)	multiGSEA_1.10.0.tgz
macOS二进制(arm64)	multiGSEA_1.10.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/multiGSEA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ multiGSEA
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/multiGSEA/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/multiGSEA/
包下载报告	下载数据