netZooR

DOI:10.18129 / B9.bioc.netZooR

集成方法:熊猫，狮子，秃鹰，羊驼，桑巴，怪物，水獭，白鹭，纱线到一个工作流

Bioconductor版本:发行版(3.15)

PANDA(数据同化网络间传递属性)是一种重构基因调控网络的信息传递模型。它集成了多种生物数据来源，包括蛋白质-蛋白质相互作用数据、基因表达数据和序列基序信息，以重建全基因组、条件特异性调控网络。[(Glass et al. 2013)]。LIONESS(Linear Interpolation to Obtain Network estimation for Single sample)是一种通过将线性插值应用到现有聚合网络推理方法的预测中来估计样本特定调节网络的方法。CONDOR(COmplex Network Description Of regulator)是一种生物网络，特别是eQTL网络的二部社群结构分析工具，包括一种根据节点的模块化贡献对其进行评分的方法。[(Platig等，2016)。]ALPACA(跨社区架构的改变分区)是一种比较来自不同表型状态的两个基因组规模网络的方法，以识别特定于条件的模块。[(Padi和Quackenbush 2018)]。这个包将pypanda——PANDA和LIONESS的Python实现(https://github.com/davidvi/pypanda)，the CONDOR的R实现(https://github.com/jplatig/condor)和ALPACA的R实现(https://github.com/meghapadi/ALPACA)集成到一个工作流中。在这个包中，每个工具都可以由一个函数调用，相关的输出可以在当前的R会话中访问，用于下游分析。

作者:王田[aut]， Marouen Ben Guebila [aut, cre]， John Platig [aut]， Marieke Kuijjer [aut]， Magha Padi [aut]， rebecca Burkholz [aut]， Deborah Weighill [aut]

维护者:Marouen Ben Guebila < Marouen .b。在gmail.com guebila >

安装

要安装此包，启动R(版本“4.2”)并输入:

如果(!install.packages("BiocManager") BiocManager::install("netZooR")

对于较老版本的R，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请从R开始并输入:

browseVignettes(“netZooR”)

超文本标记语言	R脚本	秃鹰
PDF		参考手册

细节

biocViews	GeneExpression，GeneRegulation，GraphAndNetwork，微阵列，网络，NetworkInference，软件，转录
版本	1.0.0
Bioconductor自	BioC 3.15 (R-4.2)(0.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 4.1.0),igraph，网状，pandaR，纱
进口	RCy3，viridisLite，STRINGdb，Biobase，GOstats，AnnotationDbi，matrixStats，GO.db，org.Hs.eg.db，矩阵，gplots，nnet，data.table，素食主义者,统计,跑龙套,重塑，reshape2，处罚平行,doParallel，foreach，ggplot2，ggdendro、网格质量，为了，tidyr、方法、dplyr、图形
链接
建议	testthat(> =魅惑,knitr，rmarkdown，pkgdown
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/netZoo/netZooR/issues
取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	netZooR_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	netZooR_1.0.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	netZooR_1.0.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/netZooR
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ netZooR
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/netZooR/
包下载报告	下载数据
bioc3.15的旧源包	源存档